גיוון ואבולוציה של אפיטופים של תאי T חזויים חישוביים נגד וירוס סינציאלי נשימתי אנושי

תַקצִיר

וירוס סינציציאלי נשימה אנושי (RSV) הוא הגורם העיקרי לזיהום בדרכי הנשימה התחתונה. למרות יותר מ-60 שנות מחקר, אין חיסון מורשה. בעוד שתגובת תאי B היא מוקד עיקרי לתכנון חיסון, פרופיל האפיטוף של תאי T של RSV חשוב גם לפיתוח חיסון. כאן, חזינו באופן חישובי אפיטופים משוערים של תאי T בחלבון ה- Fusion (F) וב-Glycoprotein (G) של זנים במחזור פראי של RSV על ידי חיזוי זיקה הקישור של Major Histocompatibility Complex (MHC) Class I ו- Class II. הגבלנו את המסקנות שלנו לאפיטופים שמורים הן בחלבוני F והן בחלבוני G אשר אושרו בניסוי. יישמנו קנה מידה רב-ממדי (MDS) לבניית נופי אפיטופ של תאי T כדי לחקור את המגוון וההתפתחות של פרופילי תאי T על פני זני RSV שונים. אנו מוצאים שזני RSV מקובצים בשלוש קבוצות RSV-A ושתי קבוצות RSV-B בנוף האפיטופ T הזה. אשכולות אלה מייצגים זני RSV משתנים עם פרופילים אימונוגניים שונים. בנוסף, התוצאות שלנו מראות שיעור גדול יותר של שימור תכולת האפיטוף של תאי T חלבון F בקרב זני מגיפה אחרונים, בעוד שתכולת האפיטופ של תאי T חלבון G ירדה. חשוב לציין, התוצאות שלנו מצביעות על כך של-RSV-A ו-RSV-B יש דפוסים שונים של סחיפה והחלפה של אפיטופים ושייתכן שיחסוני RSV-B זקוקים לעדכונים תכופים יותר. המחקר שלנו מספק מסגרת חדשה לחקר התפתחות האפיטופ של תאי T RSV. הבנת הדפוסים של שימור ושינוי האפיטופים של תאי T עשויה להיות בעלת ערך עבור תכנון והערכה של חיסונים.

היתרונות של cistanche tubulosa-לחזק את המערכת החיסונית

סיכום מחבר

זיהומים בדרכי הנשימה התחתונות הנגרמות על ידי וירוס סינציטיאלי נשימה אנושי (RSV) הם אתגר בריאותי עולמי. התגובה החיסונית של אפיטוף תאי B הייתה המוקד העיקרי של חיסון RSV ופיתוח טיפולי. עם זאת, חסינות הנגרמת על ידי אפיטופ תאי T ממלאת תפקיד חשוב בפתרון זיהום RSV. בעוד שמגוון גנטי של RSV דווח בהרחבה, מחקרים מעטים מתמקדים במגוון אפיטופים של תאי T RSV, שיכול להשפיע על יעילות החיסון. כאן, אנו משתמשים בפרופילים של אפיטופ תאי T חזויים חישוביים של זנים במחזור כדי לאפיין את המגוון וההתפתחות של האפיטופ של תאי T של RSV A ו-B. אנו מעריכים באופן שיטתי את פרופיל האפיטוף של תאי T של חלבוני RSV F ו-G. אנו מספקים הדמיית נוף של אפיטופ של תאי T שמראה את הסירקולציה המשותפת של שלוש קבוצות RSV-A ושתי קבוצות RSV-B, מה שמצביע על חסינות פוטנציאלית של תאי T. יתר על כן, המחקר שלנו מראה רמות שונות של שימור תכולת האפיטופים של תאי T חלבון F ו-G, אשר עשוי להיות חשוב להתאמה עם משך ההגנה על החיסון. מחקר זה מספק מסגרת חדשה לחקור את התפתחות האפיטופ של תאי RSV T, להסיק חסינות של תאי T RSV ברמות אוכלוסיה, ולנטר את יעילות חיסון ה-RSV.

מבוא

נגיף סינציציאלי נשימה אנושי (RSV) הוא נגיף RNA שלילי גדיל המסווג ב-Orthopneumovirusסוג המשפחהPneumoviridae. זהו גורם עיקרי למחלות בדרכי הנשימה התחתונות בתינוקות צעירים, אנשים עם דכאות חיסונית וקשישים, וכתוצאה מכך מגיפות שנתיות ברחבי העולם [1]. גנום ה-RNA החד-גדילי של RSV הוא כ-15.2 קילובייט ומקודד ל-11 חלבונים ויראליים [2]. חלבוני ה- Fusion (F) ו-Glycoprotein (G) הם שני חלבוני השטח העיקריים [3]. בדרך כלל חושבים שחלבון F נשמר ולכן הוא מהווה את המוקד של רוב העיצובים העדכניים של חיסוני RSV. למרות שחלבון G משתנה מאוד, תרומתו לפתוגנזה של המחלה ותפקידו בביולוגיה של הזיהום מצביעים על כך שהוא יכול להיות גם אנטיגן יעיל של חיסון RSV [4]. למרות הנטל המשמעותי של זיהום RSV ברחבי העולם, אין חיסון מורשה. ההתערבות היחידה המאושרת היא אימונו-מניעתי פסיבי עם palivizumab, אשר מושגת על ידי מתן הנוגדן החד שבטי (mAb) לקבוצה מוגבלת מאוד של תינוקות מתחת לגיל 24 חודשים ויש לחזור על הטיפול מדי חודש במהלך עונת ה-RSV עקב זמן מחצית חיים קצר של הנוגדן [5,6]. בשל העלות הגבוהה של טיפולי נוגדנים חד שבטיים, התערבות זו מוגבלת לתינוקות בסיכון גבוה ולרוב אינה זמינה במדינות מתפתחות. חיסון RSV הוא בראש סדר העדיפויות של שירותי הבריאות העולמיים, וסביר להניח שדרושות אסטרטגיות שונות עבור קבוצות הסיכון השונות.

יתרונות cistanche-מחזק את המערכת החיסונית

מספר צוותי מחקר עבדו על פיתוח חיסון RSV מאז בידוד ואפיונו בשנת 1956 [7,8]. עם זאת, חיסון עם חיסון RSV (FI-RSV) מומת פורמלין, מושקע באלום בתינוקות וילדים צעירים שלא עברו RSV, הוביל להתפתחות של מחלה מוגברת חיסון (VED) אשר עיכבה את התפתחות החיסון במשך עשרות שנים לאחר מכן [9 ]. מחקרים רבים נערכו כדי להסביר את התוצאה הלא רצויה הזו. סביר להניח שקיבוע הפורמלין הוביל לחיסון שהציג בעיקר את הקונפורמציה שלאחר היתוך של חלבון RSV F, מה שהוביל לעודף של נוגדנים לא מנטרלים וליצירת קומפלקס חיסוני [10-12]. מחקרים אחרים הצביעו על כך שתגובת תאי T לקויה עם הטיית Th2 [13,14], כמו גם שקיעת משלים בריאות, תרמו לגיוס נויטרופילים משופר [12]. התפתחויות אחרונות, כולל הרזולוציה של חלבון F [15] ופיתוח מודלים של מכרסמים RSV [16] תרמו למספר מועמדים לחיסון עם עיצובים וניסוחים חדשים הנמצאים כעת בניסויים קליניים [3,17,18]. בעוד שרוב אסטרטגיות החיסון הנוכחיות של RSV מתמקדות בתגובה חיסונית לנטרול הנגרמת על ידי תאי B, חסינות תאי T ממלאת גם תפקיד מרכזי בפתרון זיהום בנגיף והיא חיונית לפיתוח חיסון RSV [17,18]. ברגע שמתבסס זיהום RSV של דרכי הנשימה התחתונות, תאי CD8 T ממלאים תפקיד חשוב בפינוי ויראלי ותאי T עוזרי CD4 יכולים לתזמן תגובות חיסוניות תאיות ולעורר תאי B לייצר נוגדנים. עם זאת, תגובות מוטות Th2- נקשרו למודלים של בעלי חיים של RSV VED, ומדידה של תגובות Th1 ו-Th2 נחשבות חשובות כדי לחזות את הבטיחות של מועמדים לחיסון [12]. לכן, אינדוקציה של תגובה חיסונית מאוזנת בתיווך תאים באמצעות חיסון תקדם פינוי RSV, אך יש לנקוט זהירות כדי להימנע מהפוטנציאל לאימונופתולוגיה. יחד, יש צורך בבדיקה מדוקדקת יותר של חסינות תאי T ורצפי הנגיפים המעוררים תגובות של תאי T לפיתוח חיסון RSV.

לנגיף הסינצטיאלי הנשימתי האנושי יש דפוס מחזור מורכב באוכלוסיית האדם. בתוך שתי קבוצות אנטיגניות, RSV-A ו-RSV-B, גנוטיפים שונים יכולים להסתובב יחד בתוך אותה קהילה, בעוד שגנוטיפים של RSV חדשניים עם מגוון גנומי גבוה עשויים להופיע ועשויים להחליף את הגנוטיפים הדומיננטיים בעבר [19]. בשנים האחרונות זוהו מספר שינויים גנטיים ייחודיים ב-RSV, כולל שכפול 72-נוקלאוטיד (nt) (גנוטיפ ON) בגן RSV-A G ועוד אחד עם שכפול 60-nt (גנוטיפ BA ) ב-RSV-B באזור דומה [20]. המגוון הגנטי של RSV שנצפה העלה שאלה האם יש צורך בחיסון RSV לכלול מספר זנים שונים כדי להיות יעיל. רוב הפיתוחים הנוכחיים של חיסוני RSV מבוססים על זן מעבדה RSV A2, שהוא זן כימרי השייך לתת-סוג A [21]. בעוד שלטיפולים אלה יש הבטחה, קיימת אפשרות של זנים ויראליים לפתח מוטציות בריחה. לדוגמה, זנים עמידים ל-palivizumab בודדו הן ממודלים של מכרסמים RSV והן מבני אדם [17,22]. מספר שורות של ראיות מצביעות גם על שוריאציה אנטיגני עשויה למלא תפקיד ביכולת של RSV לברוח מתגובה חיסונית וזיהומים מבוססים [23]. בעוד שאפיטופים של תאי T שמורים מאוד בחיסון RSV עשויים שלא לספק הגנה מלאה מפני זיהום כאשר חסרות תגובות נוגדנים צולבים, אפיטופים של תאי T שמורים מאוד בחיסון עשויים עדיין להפחית את חומרת המחלה ולהגביל את התפשטות הנגיף. עם זאת, דווח על וריאציה של חומצות אמינו ברמת האפיטוף של תאי T והופעה פוטנציאלית של אפיטופים חדשים של תאי T של זנים במחזור RSV לאחרונה [24], ויש צורך במחקרים נוספים כדי להמחיש את ההשפעות של וריאציות חומצות אמינו על זיהוי תאי T . לפיכך, אפיון פרופילי האפיטופים של תאי T על פני זנים שונים חשוב מאוד להבנת התפתחות ה-RSV ויכול להיות חשוב לפיתוח חיסון RSV.

מערכת חיסון מגבירה צמח cistanche

לחץ כאן לצפייה במוצרי Cistanche Enhance Immunity

【בקש עוד】 דוא"ל:cindy.xue@wecistanche.com / Whats App: 0086 18599088692 / Wechat: 18599088692

במחקר זה, אנו משתמשים בגישות אימונואינפורמטיות המיושמות בערכת הכלים iVAX [25] כדי לחזות אפיטופים של תאי T ב-RSV על פני זנים שונים, תוך התמקדות בשני חלבוני השטח העיקריים F ו-G. בעזרת ניתוח של מערך נתונים מקיף, אנו להעריך את פרופיל האפיטופ של תאי T הספציפי לשושלת של RSV. אנו גם יוצרים נופים של אפיטופ תאי T מבוססי רצף המבוססים על השוואת תוכן האפיטופים על פני זנים שונים ומתאם עוד יותר את השינוי בחסינות תאי T RSV עם התפתחות הנגיף. גם היחס של תכולת האפיטופ של תאי T משומרים בין זנים מועמדים לחיסון שהתפתחו מוקדם יותר לבין זני RSV במחזור עם שנות בידוד ומיקומים שונים חושב גם הוא. ניתוחים אלה עשויים לסייע בהבנת חסינות תאי T RSV על פני זנים שונים ולתרום למאמצי תכנון החיסונים הנוכחיים.

תוצאות

הפצה של אפיטופים של תאי T בחלבוני שטח RSV

הערכנו את הפוטנציאל האימונוגני של תאי T על פני חלבוני פני RSV על ידי סריקת 9 אזורי שאריות כדי לחזות את הסתברות הקישור למולקולות MHC Class I ו- Class II (איור 1). צפיפות האפיטופים של חלבוני פני השטח של RSV הוערכה באמצעות ציון צפיפות אפיטופים מנורמל, אשר מחושב על ידי סיכום ציון הקישור החזוי של פפטיד-MHC על פני החלבון ונורמליזציה שלו עם אורך החלבון. הציון עבור חלבונים שנוצרו באקראי מוגדר לאפס ואנטיגנים של חיסון בדרך כלל ניקוד מעל +20 בסולם זה [25]. לחלבון F יש ציון צפיפות אפיטופים הגבוה מ-+20 עבור ניתוח סולם האימונוגניות Class I וגם Class II, המצביע על פוטנציאל אימונוגני משמעותי [25]. זה מנוגד לציוני חלבון G נמוכים יותר מדרגת I ו- Class II בצפיפות האפיטופים של חלבון עבור שני תת-הסוגים של RSV. ציון צפיפות האפיטופים Class I של חלבון G היה גדול מ-+10 בשני תת-הסוגים אך צפיפות ה- Class II הייתה נמוכה מהציפיות האקראיות בניתוח של RSV-B (איור 1A). תוצאה זו מרמזת שלחלבונים משטח RSV יש פוטנציאל לעורר תאי T הנדרשים לחסינות מגן. לאחר מכן חקרנו את התפלגות האימונוגניות של תאי T על פני החלבונים ומצאנו שיש אזורים עם פוטנציאל אימונוגני של תאי T גבוה יחסית (איור 1B). התפלגות האימונוגניות של תאי T של חלבון F מופה על מבנה החלבון שלו וחפיפה בין אזורי רצף חלבונים בעלי פוטנציאל חסינות גבוה של תאי T והמטרות לנטרול נוגדנים נצפו באתר האנטיגני F ובאתר II.

איור 1. פוטנציאל אימונוגני של תאי T לחלבוני פני RSV מבוסס על חיזוי מחייב MHC

פרופילים של אפיטופ תאי T ספציפיים לשושלת

לאחר מכן הרחבנו את תחזיות האפיטופ של תאי T מזנים מייצגים של RSV למספר זנים במחזור פראי. ההפצה והמגוון של אפיטופים של תאי T על פני זנים שונים מומחשים במפות חום עם הפילוגניות המתאימות בקנה מידה של זמן (איורים S1 ו-S2). גם חלבוני F וגם G מכילים אפיטופים שנשמרו על פני כל זני ה-RSV בכמעט 100% מהבידודים שנדגמו, מה שמצביע על כך שהם יכולים לשמש מועמדים לאפיטופ תאי T באיכות גבוהה לתכנון חיסון. לעומת זאת, חלק מהאפיטופים עברו מוטציה בזנים נבחרים, ואותם אפיטופים שהופיעו רק בקלאידים מסוימים בתוך הפילוגניה יכלו להתפרש כ"טביעות אצבע" ספציפיות.

אירועי שכפול גן G ב-RSV, שהם חתימות גנים ייחודיות, יכולים לשנות את מיקום האפיטופים (המיקומים שונים אך חומצות האמינו של האפיטופים זהות למבודדי חלבון G ללא כפילות) או לגרום להופעת אפיטופים חדשים. שני אפיטופים מסוג I חדשים, (מס' 31 ומספר 40 באיור S2A), נמצאו בזני RSV-A המכילים שכפול גן G. בנוסף, זוהה אפיטופ מסוג II (מס' 25 באיור S2A) ברצפי RSV-A המכילים שכפול של גן G, שהיה שינוי מאפיטופ (מס' 24) שנצפה בזנים אחרים. מזני RSV-B המכילים את אירוע שכפול גן G, צפינו גם במספר אפיטופים של תאי IT מחלקה ספציפית לשושלת, שנגרמים על ידי מחיקת 2-חומצת אמינו (aa) (aa157 ו-aa158) בזנים אלה במקום זאת. של ישירות עקב אירוע השכפול 60-nt. חלבוני RSV-B G שיש להם אירוע שכפול מכילים מספר אפיטופים חדשים (מס' 22, 23, 26, 28, 30, 37) אך אינם מכילים מספר אפיטופים (מס' 24, 25, 27, 29, 31, 38) שמזוהים בזנים אחרים (איור S2B). כדי לקבוע עוד יותר האם האפיטופים החזויים של תאי T עם פוטנציאל קשירה גבוה של MHC הם אימונוגניים, השתמשנו באלגוריתם JanusMatrix [27] כדי לזהות את האפיטופים של תאי T שסביר שיישמרו עם פפטידים אנושיים ובכך נסבלים על ידי מערכת החיסון . בהתבסס על ניתוח זה, 6.45% מהאפיטופים המשוערים מסוג I ו-1.12% מהאפיטופים המשוערים מסוג II של חלבוני פני השטח העיקריים של RSV נשמרים עם אפיטופים שמקורם בפרוטאום אנושי בשאריות הפונות לקולטן תאי T (TCR). מכיוון שלפפטידים אלה יש העדפות דומות לקישור HLA הכלולות בחלבונים אנושיים (איור S3), לכן ההנחה היא שהם אינם אימונוגניים. לאחר אי הכללה של האפיטופים בעלי הניקוד הגבוה של JanusMatrix שזוהו לעיל, הצלחנו לזהות אפיטופים של תאי T שנשמרו בלמעלה מ-60% מזני RSV הנמצאים כעת במחזור. חיפשנו במסד הנתונים של האפיטופים של IEDB כדי לקבוע אם האפיטופים האלה קשורים לאפיטופים של תאי T RSV או ליגנים HLA שאושרו בניסוי (טבלה א' בטקסט S1). רצפי האפיטופים של תאי T RSV המשמרים שעשויים להיות חשובים לפיתוח חיסון עתידי מוצגים בטבלאות 1 ו-2 (טבלאות B ו-C בטקסט S1).

טבלה 1. פפטידים אפיטופים MHC מחלקה I מאומתים בניסוי בחלבוני שטח ראשיים של RSV

נופי אפיטופ של תאי T RSV חזויים 

To investigate the evolution of RSV on T cell immunity profiles, we use a multidimensional scaling (MDS) approach to visualize the T cell immunity profile of multiple RSV strains on a landscape. We performed a T cell epitope content pairwise comparison between RSV strains using in silico predicted peptide-HLA allele binding affinity. The pairwise T-cell epitope distances were then calculated using the algorithm reported in this study (Eq 1). We then applied a multidimensional scaling (MDS) approach using these estimated pair-wise T epitope distances to map RSV strains to a landscape to characterize their T-cell immunity profile. We found both class I and class II T cell immunity profiles of F and G proteins of different RSV strains were clustered into groups on this T cell epitope landscape (S4 Fig). Combining the class I and class II T-cell epitope binding profiles, RSV-A major surface protein isolates can be divided into three clusters and RSV-B major surface protein isolates can be divided into two clusters (Figs 2 and S5). We observe that the G gene sequence isolates that contain 72-nt (RSV-A) or 60-nt (RSV-B) duplications clustered together with other sequences instead of forming isolated groups. To further investigate the T cell epitope diversity, we correlated this clustering pattern with the phylogenetic histories (Fig 2B). The phylogenetic tree topologies of the RSV-A F gene and the G gene are similar. The F gene cluster 1 is paraphyletic, while clusters 2 and 3 are monophyletic. Cluster 1 is the closest to the ancestral sequence and mapping this group onto the phylogeny shows that this cluster has a basal relationship with clusters 2 and 3 indicating that the phylogenetic divergence occurred prior to epitope drift. The RSV-B F and G gene genealogies are very different. In particular, the RSV-B F gene topologies are indicative of strong immune selection, similar to observed human influenza A virus or within host HIV phylogenies [28]. In contrast, the RSV-B G gene phylogeny shows the co-circulation of multiple lineages, though this could reflect the sequencing bias of G genes (Fig 2B). We then calculated the T-cell epitope immune distance of each strain from a reconstructed ancestral sequence (Fig 2C). These distances were then plotted against the year of isolation and colored according to the cluster identified in Fig 2A. RSV-A shows that multiple predicted immune phenotypes co-circulate and persist for long periods (>2 עשורים). ניתוח של RSV-B מראה תחלופה של הפנוטיפים החיסונים החזויים עם תקופות קצרות של סירקולציה (קו-סירקולציה)<5 years) for F and G protein T cell epitopes. The limited periods of co-circulation are again consistent with phenotype patterns observed for viruses under strong immune selection (e.g. H3N2 influenza A virus) [29,30]. In contrast, genetic distances from the reconstructed ancestral sequence plotted against year of isolation show patterns typical of gradual genetic drift, except in the G gene where a 72-nt and 60-nt insertion is present (Fig 2D). Taken together, these results suggest that genetic and predicted T-cell epitope immune diversity are different and may be an important factor to consider when evaluating RSV vaccine efficacy.

טבלה 2. פפטידים אפיטופים MHC Class II מאומתים בניסוי בחלבוני פני השטח העיקריים של RSV

איור 2. נופים חזויים של אפיטופ תאי T ואבולוציה גנטית של חלבוני פני RSV

קיימות מספר שיטות זמינות לניבוי אפיטופים של תאי T [31], מה שעלול לגרום לנופים משוחזרים שונים אם יש הטיה שיטתית בשיטת החיזוי. השתמשנו בשיטת NetMHCpan [32] כדי לחזות אפיטופים של תאי T ולבצע את אותו שחזור נוף באמצעות תחזיות מחייבות MHC class I עבור חלבון RSV-A F. הניתוח שלנו הראה דפוס מקובץ עקבי של פרופיל אפיטופ T RSV בנוף ללא קשר לשיטת חיזוי האפיטוף של תאי T (איור S7).

איור 3. הערכה של זנים מועמדים לחיסון RSV שנעשה בהם שימוש בעבר עם תכולת האפיטופ של תאי T של זנים במחזור

הערכה של זנים מועמדים לחיסון עם תכולת האפיטופ של תאי T

T cell epitopes that are similar between vaccine strains and wild strains (cross-conserved T epitopes, which are defined as epitopes that share identical T cell receptor-facing residues and are restricted by the same alleles [33]) may be responsible for the T cell immune protection of the vaccine. To quantitatively evaluate whether it might be necessary to include multiple RSV strains to prepare an effective vaccine, two live attenuated RSV strains that are previously considered as vaccine candidates, CP248, a recombinant virus that belongs to subtype A, and CP52, which is a recombinant RSV-B strain, were included in our analysis and we evaluated their T cell epitope conservation with different RSV wild-type strains. We calculated the average proportion of cross-conserved T cell epitope content between the selected vaccine strains and wild-circulating strains from different isolation years and WHO regional groups (Figs 3 and S8). Different proportions of cross-conserved T cell epitope content against isolates from two different subtypes, A and B, were observed in both the F and G protein analyses. In the comparison of the vaccine strains and wild strains belonging to the same subtype, the proportion of cross-conserved T cell epitope in RSV F protein is relatively stable in different groups, all are higher than 78% for RSV-A and higher than 85% for RSV-B. In contrast, changes in the proportion of cross-conserved T cell epitopes were detected among groups within the same RSV subtype, especially in different temporal groups in the G protein analysis (Fig 3). Vaccine strain CP248 appears to have a relatively higher proportion of cross-conserved T cell epitopes within G protein when compared to the RSV-A strains that were isolated before 1991 (>70%) ודרגת שימור נמוכה יחסית נגד זנים שבודדו לאחרונה. ירידה דומה בשימור האפיטוף של תאי T עם הזמן זוהתה עבור זן החיסון CP52 בקרב זני RSV-B במחזור.

דִיוּן

למרות שגם תאי T CD4 וגם CD8 תורמים להגנה מפני מחלה הנגרמת על ידי RSV בעקבות זיהום ראשוני [16,34], אפיטופים של תאי T זכו לתשומת לב מוגבלת במאמץ המחקר של RSV. אנו מראים שלחלבוני פני השטח RSV נראה כי יש פוטנציאל משמעותי להניע חסינות של תאי T באמצעות גישה חישובית, המבוססת על ציוני צפיפות האפיטופים של תאי T שלהם כפי שנקבעו על ידי חיזוי קשירה מולקולרית של MHC. צפיפות האפיטופים המשוערים יחסית של תאי T עשויה להפוך חלבון F למטרה טובה לחיסון RSV. בנוסף לניתוח של צפיפות ופיזור האפיטופים של תאי T בחלבוני פני השטח העיקריים של RSV, הדגמנו גם וריאציות ספציפיות לשושלת בתכולת האפיטופ של תאי T. למרות שמאמינים שחלבון RSV F נשמר היטב, מוטציות אפיטופים נצפות על פני שושלות שונות בתוך חלבון F, מה שמצביע על כך שחקר האפיטופים של תאי T הספציפיים לשושלת ב-RSV יכול לספק תובנה לגבי השפעת הבחירה החיסונית על המגוון וההתמדה הנגיפית . בניגוד לחלבון F השמור, חלבון G RSV מדווח כמשתנה מאוד, עדיין צפינו באפיטופים פוטנציאליים של תאי T משומרים על פני זנים שונים, מה שמצביע על עניין רב בתחום השמור של חלבון G כמטרות חיסון פוטנציאליות בהגנה חיסונית של תאי T . אמנם יש צורך באימות ניסיוני, אך ניתוח זה מדגיש את החשיבות של הבנת שימור האפיטופים ברמת האוכלוסייה מכיוון שהוא עשוי לספק תובנה חשובה לגבי פיתוח חיסונים מונעים על ידי אפיטופים של תאי T נגד זיהום RSV.

מוקד עיקרי של עבודתנו הוא פיתוח של שיטה מבוססת רצף למיפוי התפתחות חסינות תאי T על פני כתמים שונים. בעקבות עבודה מרכזית בעבר שהשתמשה בשיטת MDS כדי למפות את ההסתגלות האבולוציונית של נגיף שפעת A המושרה על ידי תאי CD8 T תוך שימוש בנוכחות והעדר אפיטופים MHC Class I [35], בנינו נופי חסינות של תאי T RSV באמצעות מרחקים חיסוניים נוצרו על ידי ניתוחי שימור צולבים של אפיטופים של תאי T, המאפשרים הדמיה קלה והבנה אינטואיטיבית של הפוטנציאל ליחסי חסינות של תאי T בין זנים שונים. בהשוואה בין זנים, מצאנו שניתן לקבץ את תכולת האפיטופ של תאי T בחלבוני פני השטח של RSV מזנים שונים, כפי שנצפה עבור הקשר האנטיגני שדווח בפתוגנים אחרים [36,37]. התוצאות שלנו מדגימות גם את ההתאמה בין אשכולות חסינות של תאי T RSV והפילוגניות המקבילות שלהם, כאשר רצפים באותו קלייד שייכים בדרך כלל לאותו אשכול חיסוני של תאי T. חשוב לציין, אנו גם צופים בדפוסים שונים של התפתחות אפיתופי תאי T של זני RSV בר בהשוואה לאבולוציה הגנטית שלהם. אנו מוצאים שזני RSV עם כפילויות של גן G עדיין יכולים להתקבץ עם בידודי RSV קודמים במרחב האפיטופ MDS של תאי T. התוצאות שלנו מדגישות את החשיבות של אפיון שינויים באפיטופ תאי T ב-RSV.

cistanche tubulosa- לשפר את המערכת החיסונית

זיהינו אפיטופים של תאי RSV T שמורים מאוד במחקר זה, שחלקם כבר אושרו ניסיוני ופורסמו במסד הנתונים של IEDB. עם זאת, זיהינו גם כמה אפיטופים של תאי T משומרים שלא תוארו קודם לכן. אלה עשויים להיות בעלי ערך עבור תכנון חיסון, אם כי יהיה צורך באימות ניסיוני. יתר על כן, ההומולוגיה של אפיטופים של RSV נבחרים לפפטידים אנושיים מרמזת על כך שחלק מהאפיטופים של תאי RSV T חזויים עשויים להיות נסבלים על ידי מערכת החיסון האנושית או יכולים לגרום לתגובה חיסונית מזיקה נגד חלבונים אנושיים כאשר הם ניתנים עם אדג'ובנט [27]. היבטים מסוימים של חסינות ל-RSV לא טופלו במחקר זה. לדוגמה, תגובות נוגדנים מנטרלות נחשבות כיום לקורלציה החשובה ביותר של חסינות. בעוד שנוגדנים מנטרלים לא ייווצרו ישירות על ידי חיסון מונע על ידי אפיטופים של תאי T, אפיטופים של תאי T מסייעים (CD4) נדרשים ליצירת נוגדנים בעלי זיקה גבוהה וספציפיות גבוהה. אנו מציינים גם שהגבלנו את ההתמקדות שלנו בשני חלבוני פני השטח העיקריים של RSV בניתוח הנוכחי שלנו, אך חלבוני RSV אחרים כמו N, M או M2-2 חלבונים עשויים גם הם לתרום ליעילות החיסון [38].

cistanche tubulosa- לשפר את המערכת החיסונית

חיסון יעיל נגד וירוסים משתנים צריך להכיל אפיטופים של תאי T שנשמרים מאוד בקרב זנים במחזור [39]. יעילות החיסון יכולה להיות מופחתת אם אפיטופים של תאי T בזן חיסון אינם תואמים כאשר צצים זנים חדשים של פתוגנים. במחקר זה, השתמשנו בגישה המבוססת על אימונואינפורמטיקה כדי להעריך את תכולת האפיטופים של תאי T משומרים בין שני זני חיסון חיים מוחלשים וזני פרא במחזור RSV. מצאנו כי היה שיעור נמוך של תכולת אפיטופ תאי T משומרים צולבים עם זני חיסון השייכים לקבוצות אנטיגניות שונות, מה שמעיד על הסיכון בשימוש בתת-סוג בודד בחיסוני RSV. בנוסף, צפינו בשיעור נמוך יותר של תכולת אפיטופ תאי T משומרים צולבים בין זני חיסון וזנים שהסתובבו לאחרונה באותה קבוצה אנטיגני, מה שמרמז כי הכללת אפיטופים של תאי T מזנים שונים באותה קבוצה אנטיגני עשויה להיות חשוב לפיתוח חיסון RSV. למרות שלא צפינו בשינוי משמעותי בתכולת האפיטופ של תאי T משומרים בחלבון F, איננו יכולים לשלול את האפשרות ששונות של חלבון F בעתיד יכולה להפוך חיסון מבוסס זן בודד לפחות יעיל. הניתוח הנוכחי שלנו מבוסס על מערכי נתונים מופחתים בשל יכולת החישוב הכבדה הנדרשת לביצוע השוואת תוכן אפיטופים. בנינו מערכי נתונים מייצגים אלה על ידי דגימה אקראית של מערכי הנתונים המלאים לפי אזורים גיאוגרפיים ושנים בודדות. הממצאים שלנו עשויים לשקף את מגוון האפיטופים של תאי T של זני RSV הזמינים לציבור, עם זאת, ייתכן שיידרשו מאמצי מעקב נוספים של RSV כדי לקבל תמונה מלאה של השונות באפיטופ תאי T של RSV.

המחקר הנוכחי שלנו מוגבל על ידי היעדר אימות ניסיוני של חיזוי אפיטופים של תאי T. אנו מתמקדים בקישור MHC חזוי חישובית לזיהוי אפיטופים של תאי T. אמנם חוזק הקישור ל-MHC הוא הפרמטר המרכזי שקובע את האימונוגניות של הפפטיד, אך לא מספיק כדי שהמודול יהיה אימונוגני [40]. היבטים אחרים הקשורים לתגובה חיסונית של תאי T המושרה על ידי פתוגן, כגון עיבוד אנטיגן מתאים [41] וזיהוי קולטנים של תאי T [40] אינם נחשבים במחקר זה, מה שעלול לגרום להטיה בנופי האפיטופ של תאי T המבוססים על חישוב. עם זאת, הדפוס המקובץ שנצפה של חלבוני פני השטח של RSV בנוף האפיטופים של תאי T במחקר זה משקף את המגוון של אפיטופים של תאי T בתוך זנים שונים. ממצא זה מספק תובנות חשובות לגבי התפתחות הנגיף בהיבטים של חסינות תאי T ויכול לתרום לבחירת זנים לתכנון חיסון. בסך הכל, מחקר זה מספק ניתוח ממוקד של אפיטופים של תאי T בחלבוני שטח ראשיים של RSV באמצעות כלים חישוביים. ביצענו חיזוי אפיטופ מקיף של תאי T עבור RSV המראה את הקשר האימונולוגי של אפיטופים של תאי T בחלבוני פני השטח של RSV. מחקר זה מדגים כי התפתחות האפיטוף של תאי T עשויה להיות שונה מהוריאציה הגנטית ומספקת מסגרת לפיתוח חיסון RSV משולב מבוסס אפיטופים ושיטות הערכה שניתן להשתמש בהן כדי לייעל אסטרטגיות חיסון.

הפניות

1. Crowe JE Jr., Williams JV. פרמיקסו-וירוס: וירוס סינציאלי נשימתי ומטאפניאומוווירוס אנושי: זיהומים ויראליים של בני אדם. 2014 בפברואר 27:601–27. https://doi.org/10.1007/978-1-4899-7448-8_26

2. Yun MR, Kim AR, Lee HS, Kim DW, Lee WJ, Kim K, et al. רצפי גנום מלאים של גנוטיפ גנוטיפ A ו-B של וירוסים נשימתיים אנושיים מדרום קוריאה. הכרזת הגנום 2015; 3(2). Epub 2015/04/25. https://doi.org/10.1128/genomeA.00332-15 PMID: 25908140; PubMed Central PMCID: PMC4408341.

3. McLellan JS, Ray WC, Peeples ME. מבנה ותפקוד של גליקופרוטאינים על פני השטח של וירוס סינציטי נשימתי. Curr Top Microbiol Immunol. 2013; 372:83–104. Epub 2013/12/24. https://doi.org/10.1007/ 978-3-642-38919-1_4 PMID: 24362685; PubMed Central PMCID: PMC4211642.

4. Lee J, Klenow L, Coyle EM, Golding H, Khurana S. אתרים אנטיגניים מגנים בחלבון התקשרות G של וירוס סינציטאלי נשימתי מחוץ לתחומים המרכזיים השמורים והצסטאין. PLOS פתוגנים. 2018; 14(8):e1007262. https://doi.org/10.1371/journal.ppat.1007262 PMID: 30142227

5. הנחיות מעודכנות למניעת palivizumab בקרב תינוקות וילדים צעירים בסיכון מוגבר לאשפוז בגין זיהום בנגיף סינציציאלי נשימתי. רפואת ילדים. 2014; 134(2):e620–38. Epub 2014/ 07/30. https://doi.org/10.1542/peds.2014-1666 PMID: 25070304.

6. Palivizumab, נוגדן מונוקלוני לווירוס סינציטי נשימתי מואנש, מפחית אשפוז כתוצאה מזיהום בנגיף סינציטי נשימתי בתינוקות בסיכון גבוה. קבוצת המחקר IMpact-RSV. רפואת ילדים. 1998; 102(3 Pt 1):531–7. Epub 1998/09/17. PMID: 9738173.

7. Schwarz TF, Johnson C, Grigat C, Apter D, Csonka P, Lindblad N, et al. שלוש רמות מינון של מועמד לחיסון נגד וירוס נשימתי אימהי נסבלות היטב ואימונוגניות בניסוי אקראי בנשים לא הרות. J Infect Dis. 2022; 225(12):2067–76. Epub 2021/06/20. https://doi.org/10.1093/infdis/jiab317 PMID: 34146100; PubMed Central PMCID: PMC9200160.

8. Biagi C, Dondi A, Scarpini S, Rocca A, Vandini S, Poletti G, et al. המצב הנוכחי והאתגרים בפיתוח חיסונים נגד וירוסים סינציטיים בדרכי הנשימה. חיסונים (באזל). 2020; 8(4). Epub 2020/11/15. https://doi.org/10.3390/vaccines8040672 PMID: 33187337; PubMed Central PMCID: PMC7711987.

9. Kim HW, Canchola JG, Brandt CD, Pyles G, Chanock RM, Jensen K, et al. מחלת וירוס סינציציאלי נשימתי בתינוקות למרות מתן קודם של חיסון מומת אנטיגני. Am J Epidemiol. 1969; 89(4):422–34. Epub 1969/04/01. https://doi.org/10.1093/oxfordjournals.aje.a120955 PMID: 4305198.

10. Murphy BR, Sotnikov AV, Lawrence LA, Banks SM, Prince GA. היסטופתולוגיה ריאתית משופרת נצפתה בחולדות כותנה שחוסנו ב-Formalin-Inactivated respiratory syncytial virus (RSV) או F glycoprotein מטוהרת ואוגרות עם RSV 3-6 חודשים לאחר החיסון. תַרכִּיב. 1990; 8(5):497–502. Epub 1990/10/01. https://doi.org/10.1016/0264-410x(90)90253-i PMID: 2251875.

11. Killlikelly AM, Kanekiyo M, Graham BS. Pre-fusion F חסר על פני השטח של וירוס סינציאלי נשימתי מומת מפורמלין. דוחות מדעיים. 2016; 6(1):34108. https://doi.org/10.1038/srep34108 PMID: 27682426

12. Polack FP, Teng MN, Collins PL, Prince GA, Exner M, Regele H, et al. תפקיד עבור קומפלקסים חיסוניים במחלת וירוס סינציציאלי נשימה משופרת. J Exp Med. 2002; 196(6):859–65. Epub 2002/09/18. https://doi.org/10.1084/jem.20020781 PMID: 12235218; PubMed Central PMCID: PMC2194058.

13. Connors M, Giese NA, Kulkarni AB, Firestone CY, Morse HC 3rd, Murphy BR. היסטופתולוגיה ריאתית משופרת הנגרמת על ידי אתגר נגיף סינציטי נשימה (RSV) של עכברי BALB/c מחוסנים בפורמלין עם RSV מומתנת על ידי דלדול של אינטרלוקין-4 (IL-4) ו-IL-10. J Virol. 1994; 68 (8):5321–5. Epub 1994/08/01. https://doi.org/10.1128/JVI.68.8.5321-5325.1994 PMID: 8035532; PubMed Central PMCID: PMC236482.

14. Waris ME, Tsou C, Erdman DD, Zaki SR, Anderson LJ. זיהום בנגיף סינציציאלי נשימתי בעכברי BALB/c שחוסנו בעבר עם וירוס מומת על ידי פורמלין גורם לתגובה דלקתית ריאתית מוגברת עם דפוס ציטוקינים דומיננטי כמו Th2-. J Virol. 1996; 70(5):2852–60. Epub 1996/05/01. https://doi.org/10.1128/JVI.70.5.2852-2860.1996 PMID: 8627759; PubMed Central PMCID: PMC190142.

15. גילמן MSA, Furmanova-Hollenstein P, Pascual G, BvtW A, Langedijk JPM, McLellan JS. פתיחה חולפת של חלבוני פרפוזיה RSV F trimeric. נאט קומון. 2019; 10(1):2105. Epub 2019/05/10. https://doi.org/10.1038/s41467-019-09807-5 PMID: 31068578; PubMed Central PMCID: PMC6506550 RSV, קיבל מימון מחקר מ-MedImmune ו-Janssen, היה יועץ בתשלום עבור MedImmune, ונמצא בוועדת הייעוץ המדעית של Calder Biosciences. MSAG הוא ממציא בשם על בקשת פטנט על נוגדנים מכווני RSV F בדומיין יחיד. PF-H., GP, A.vW. ו-JPML הם עובדים של Janssen, חברת תרופות של Johnson & Johnson.

16. Taylor G. מודלים של בעלי חיים של זיהום בנגיף סינציטי נשימתי. תַרכִּיב. 2017; 35(3):469–80. Epub 2016/12/03. https://doi.org/10.1016/j.vaccine.2016.11.054 PMID: 27908639; PubMed Central PMCID: PMC5244256.

17. Blunck BN, Rezende W, Piedra PA. פרופיל של חיסון ננו-חלקיקי חלבון היתוך קדם-פיוזגני של וירוס סינציטי נשימתי. חיסונים לכבוד המומחה. 2021; 20(4):351–64. Epub 2021/03/19. https://doi.org/10. 1080/14760584.2021.1903877 PMID: 33733995.

18. מזור NI, Higgins D, Nunes MC, Melero JA, Langedijk AC, Horsley N, et al. נוף החיסון נגד וירוס סינציטי נשימתי: לקחים מבית הקברות ומועמדים מבטיחים. Lancet Infect Dis. 2018; 18(10):e295–e311. Epub 2018/06/20. https://doi.org/10.1016/S1473-3099(18)30292-5 PMID: 29914800.

19. Liang X, Liu DH, Chen D, Guo L, Yang H, Shi YS, et al. החלפה הדרגתית של כל זן הנגיף הסינצטיאלי הנשימה שספג בעבר בגנוטיפ ON1 החדש בלנז'ו משנת 2010 עד 2017. רפואה (בולטימור). 2019; 98(19):e15542. Epub 2019/05/15. https://doi.org/10.1097/MD.0000000000015542 PMID: 31083208; PubMed Central PMCID: PMC6531141.

20. Ahmed A, Haider SH, Parveen S, Arshad M, Alsenaidy HA, Baaboud AO, et al. מחזור משותף של זני שכפול 72bp Group A ו-60bp Group B Respiratory Syncytial Virus (RSV) בריאד, ערב הסעודית בשנת 2014. PLOS ONE. 2016; 11(11):e0166145. https://doi.org/10.1371/journal.pone. 0166145 PMID: 27835664

21. Tian D, Battles MB, Moin SM, Chen M, Modjarrad K, Kumar A, et al. בסיס מבני של ניטרול תלוי תת-סוג של וירוס סינציאלי נשימתי על ידי נוגדן המכוון לגליקופרוטאין ההיתוך. תקשורת טבע. 2017; 8(1):1877. https://doi.org/10.1038/s41467-017-01858-w PMID: 29187732

22. Hashimoto K, Hosoya M. מנטרל אפיטופים של RSV והתנגדות palivizumab ביפן. Fukushima J Med Sci. 2017; 63(3):127–34. Epub 2017/09/05. https://doi.org/10.5387/fms.2017-09 PMID: 28867684; PubMed Central PMCID: PMC5792496.

23. סולנדר WM. מגוון גנטי ואנטיגני של וירוס סינציציאלי נשימתי. Clin Microbiol Rev. 2000; יג (1):1–15, תוכן עניינים. Epub 2000/01/11. https://doi.org/10.1128/CMR.13.1.1 PMID: 10627488; PubMed Central PMCID: PMC88930.

24. Chen X, Xu B, Guo J, Li C, An S, Zhou Y, et al. וריאציות גנטיות בחלבון ההיתוך של וירוס סינציאלי נשימתי שבודד מילדים המאושפזים עם דלקת ריאות שנרכשה על ידי הקהילה בסין. דוחות מדעיים. 2018; 8(1):4491. https://doi.org/10.1038/s41598-018-22826-4 PMID: 29540836

25. De Groot AS, Moise L, Terry F, Gutierrez AH, Hindocha P, Richard G, et al. גילוי אפיטופים טוב יותר, הנדסה חיסונית מדויקת ועיצוב חיסונים מואץ באמצעות כלים אימונואינפורמטיקה. אימונול קדמי. 2020; 11:442. Epub 2020/04/23. https://doi.org/10.3389/fimmu.2020.00442 PMID: 32318055; PubMed Central PMCID: PMC7154102.

26. Gilman MS, Castellanos CA, Chen M, Ngwuta JO, Goodwin E, Moin SM, et al. פרופיל מהיר של רפרטואר נוגדני RSV מתאי זיכרון B של תורמים בוגרים נגועים באופן טבעי. Sci Immunol. 2016; 1 (6). Epub 2017/01/24. https://doi.org/10.1126/sciimmunol.aaj1879 PMID: 28111638; PubMed Central PMCID: PMC5244814.

27. He L, De Groot AS, Gutierrez AH, Martin WD, Moise L, Bailey-Kellogg C. הערכה משולבת של קישור MHC חזוי ושימור צולב עם עצמי חושפת דפוסים של הסוואה ויראלית. BMC ביואינפורמטיקה. 2014; 15 Suppl 4(Suppl 4):S1. Epub 2014/08/12. https://doi.org/10.1186/1471-2105-15-S4- S1 PMID: 25104221; PubMed Central PMCID: PMC4094998.

28. Grenfell BT, Pybus OG, Gog JR, Wood JL, Daly JM, Mumford JA, et al. איחוד הדינמיקה האפידמיולוגית והאבולוציונית של פתוגנים. מַדָע. 2004; 303(5656):327–32. Epub 2004/01/17. https://doi.org/10.1126/science.1090727 PMID: 14726583.

29. Smith DJ, Lapedes AS, de Jong JC, Bestebroer TM, Rimmelzwaan GF, Osterhaus AD, et al. מיפוי האבולוציה האנטיגנית והגנטית של נגיף השפעת. מַדָע. 2004; 305(5682):371–6. Epub 2004/06/ 26. https://doi.org/10.1126/science.1097211 PMID: 15218094.

30. Bedford T, Suchard MA, Lemey P, Dudas G, Gregory V, Hay AJ, et al. שילוב דינמיקה אנטיגני של שפעת עם אבולוציה מולקולרית. eLife. 2014; 3:e01914. https://doi.org/10.7554/eLife.01914 PMID: 24497547

31. Korber B, LaBute M, Yusim K. Immunoinformatics Comes of Age. PLOS ביולוגיה חישובית. 2006; 2(6):ה71. https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.0020071 PMID: 16846250

32. Reynisson B, Alvarez B, Paul S, Peters B, Nielsen M. NetMHCpan-4.1 and NetMHCIIpan-4.0: חיזויים משופרים של הצגת אנטיגן MHC על ידי דה-קונבולוציה של מוטיב במקביל אינטגרציה של נתוני ליגנד שנפלט מ-MS MHC. מחקר חומצות גרעין. 2020; 48(W1):W449–W54. https://doi.org/10.1093/nar/ gkaa379 PMID: 32406916

33. Gutie'rrez AH, Rapp-Gabrielson VJ, Terry FE, Loving CL, Moise L, Martin WD, et al. השוואת תכולת אפיטופים של תאי T (EpiCC) של ההמגלוטינין של וירוס שפעת H1 חזירים. שפעת וירוסי נשימה אחרים. 2017; 11(6):531–42. Epub 2017/10/21. https://doi.org/10.1111/irv.12513 PMID: 29054116; PubMed Central PMCID: PMC5705686.

34. ראסל CD, Unger SA, Walton M, Schwarze J. התגובה החיסונית האנושית לזיהום בנגיף סינציאלי נשימתי. Clin Microbiol Rev. 2017; 30(2):481–502. Epub 2017/02/10. https://doi.org/10.1128/ CMR.00090-16 PMID: 28179378; PubMed Central PMCID: PMC5355638.

35. Woolthuis RG, van Dorp CH, Keşmir C, de Boer RJ, van Boven M. הסתגלות ארוכת טווח של נגיף השפעת A על ידי בריחה מזיהוי תאי T ציטוטוקסי. דוחות מדעיים. 2016; 6(1):33334. https://doi. org/10.1038/srep33334 PMID: 27629812

36. Katzelnick LC, Fonville JM, Gromowski GD, Arriaga JB, Green A, James SL, et al. נגיפי דנגי מתקבצים בצורה אנטיגני אך לא כסרוטיפים נפרדים. מַדָע. 2015; 349(6254):1338–43. https://doi.org/10. 1126/science.aac5017 PMID: 26383952

37. Tuju J, Mackinnon MJ, Abdi AI, Karanja H, Musyoki JN, Warimwe GM, et al. קרטוגרפיה אנטיגנית של תגובות חיסוניות ל- Plasmodium falciparum erythrocyte membrane protein 1 (PfEMP1). PLOS פתוגנים. 2019; 15(7): e1007870. https://doi.org/10.1371/journal.ppat.1007870 PMID: 31260501

38. Liu J, Ruckwardt TJ, Chen M, Johnson TR, Graham BS. אפיון של תאי CD4 T ספציפיים מסוג M- ו-M2- של וירוס סינציאלי נשימתי במודל Murine. כתב עת לווירולוגיה. 2009; 83(10):4934–41. https://doi.org/10.1128/JVI.02140-08 PMID: 19264776

39. Viboud C, Gnostic K, Nelson MI, Price GE, Perofsky A, Sun K, et al. מעבר לניסויים קליניים: שיקולים אבולוציוניים ואפידמיולוגיים לפיתוח חיסון אוניברסלי לשפעת. PLOS פתוגנים. 2020; 16(9):e1008583. https://doi.org/10.1371/journal.ppat.1008583 PMID: 32970783

40. Schaap-Johansen AL, Vujović M, Borch A, Hadrup SR, Marcatili P. T Cell Epitope Prediction and application its immunotherapy. אימונול קדמי. 2021; 12:712488. Epub 2021/10/05. https://doi.org/10. 3389/fimmu.2021.712488 PMID: 34603286; PubMed Central PMCID: PMC8479193.

41. Mettu RR, Charles T, Landry SJ. חיזוי אפיטופים של תאי T CD4+ באמצעות אילוצי עיבוד אנטיגן. J Immunol Methods. 2016; 432:72–81. Epub 2016/02/20. https://doi.org/10.1016/j.jim.2016.02.013 PMID: 26891811; PubMed Central PMCID: PMC5321161.

42. Chen J, Qiu X, Avadhanula V, Shepard SS, Kim DK, Hixson J, et al. מערכת גנוטיפ חדשה וניתנת להרחבה עבור נגיף סינציטי נשימתי אנושי המבוססת על ניתוח רצף גנום שלם. שפעת וירוסי נשימה אחרים. 2022; 16(3):492–500. https://doi.org/10.1111/irv.12936 PMID: 34894077

43. Shepard SS, Davis CT, Bahl J, Rivailler P, York IA, Donis RO. תווית: הקצאת שושלת מהירה ומדויקת עם הערכה של H5N1 ו-H9N2 Influenza A המגלוטינינים. PLOS ONE. 2014; 9(1): ה86921. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0086921 PMID: 24466291

44. ארגון UNbtWH. סטטיסטיקת בריאות עולמית 2011 2011.

45. Rozewicki J, Li S, Amada KM, Standley DM, Katoh K. MAFFT-DASH: רצף חלבון משולב ויישור מבני. מחקר חומצות גרעין. 2019; 47(W1):W5–W10. https://doi.org/10.1093/nar/ gkz342 PMID: 31062021

46. ​​רייס P, Longden I, Bleasby A. EMBOSS: The European Molecular Biology Open Software Suite. טרנדים ג'נט. 2000; טז(6):276–7. Epub 2000/05/29. https://doi.org/10.1016/s0168-9525(00)02024-2 PMID: 10827456.

47. Whitehead SS, Hill MG, Firestone CY, St Claire M, Elkins WR, Murphy BR, et al. החלפת חלבוני ה-F וה-G של תת-קבוצה A של נגיף סינציטי נשימה (RSV) באלה של תת-קבוצה B מייצרת מועמדים לחיסון RSV מתת-קבוצה B כימריים חיים מוחלשים. J Virol. 1999; 73(12):9773–80. Epub 1999/11/13. https://doi.org/10.1128/JVI.73.12.9773-9780.1999 PMID: 10559287; PubMed Central PMCID: PMC113024.

48. Stamatakis A. RAxML גרסה 8: כלי לניתוח פילוגנטי ופוסט-אנליזה של פילוגניות גדולות. ביואינפורמטיקה. 2014; 30(9):1312–3. Epub 2014/01/24. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btu033 PMID: 24451623; PubMed Central PMCID: PMC3998144.

49. Sagulenko P, Puller V, Neher RA. TreeTime: ניתוח פילודינמי בסבירות מרבית. אבולוציה של וירוסים. 2018; 4(1). https://doi.org/10.1093/ve/vex042 PMID: 29340210

50. Yu G, Smith DK, Zhu H, Guan Y, Lam TT-Y. להסכים על חבילה r להדמיה וביאור של עצים פילוגנטיים עם המשתנים המשתנים שלהם ונתונים קשורים אחרים. שיטות באקולוגיה ואבולוציה. 2017; ח(1):28–36. https://doi.org/10.1111/2041-210X.12628

51. Southwood S, Sidney J, Kondo A, del Guercio MF, Appella E, Hoffman S, et al. מספר סוגי HLADR נפוצים חולקים רפרטוארים של קישור פפטידים חופפים במידה רבה. J Immunol. 1998; 160(7):3363–73. Epub 1998/04/08. PMID: 9531296.

52. Sette A, Sidney J. תשעה טיפוסי על עיקריים של HLA class I מהווים את השכיחות העצומה של פולימורפיזם HLA-A ו-B. אימונוגנטיקה. 1999; 50(3–4):201–12. Epub 1999/12/22. https://doi.org/10.1007/ s002510050594 PMID: 10602880.

53. UniProt: בסיס הידע האוניברסלי של חלבון בשנת 2021. Nucleic Acids Res. 2021; 49(D1): D480–d9. Epub 2020/11/26. https://doi.org/10.1093/nar/gkaa1100 PMID: 33237286; PubMed Central PMCID: PMC7778908.

54. Moise L, Gutierrez A, Kibria F, Martin R, Tassone R, Liu R, et al. iVAX: ערכת כלים משולבת לבחירה ואופטימיזציה של אנטיגנים ועיצוב חיסונים מונעי אפיטופים. חיסונים לבני אדם ואימונותרפיה. 2015; 11(9):2312–21. https://doi.org/10.1080/21645515.2015.1061159 PMID: 26155959

55. Zhu Q, McLellan JS, Kallewaard NL, Ulbrandt ND, Palaszynski S, Zhang J, et al. נוגדן בעל עוצמה גבוהה לזמן מחצית חיים מוארך כפונדקאית חיסון RSV פוטנציאלית לכל התינוקות. Sci Transl Med. 2017; 9 (388). Epub 2017/05/05. https://doi.org/10.1126/scitranslmed.aaj1928 PMID: 28469033.

56. McLellan JS, Yang Y, Graham BS, Kwong PD. המבנה של גליקופרוטאין של היתוך וירוס סינציטי נשימתי בקונפורמציה שלאחר הפיוזה חושף את שימור האפיטופים המנטרלים. J Virol. 2011; 85 (15):7788–96. Epub 2011/05/27. https://doi.org/10.1128/JVI.00555-11 PMID: 21613394; PubMed Central PMCID: PMC3147929.

57. Karosiene E, Lundegaard C, Lund O, Nielsen M. NetMHCcons: שיטת קונצנזוס לתחזיות מחלקה I של מורכבות ההיסטו-תאימות העיקרית. אימונוגנטיקה. 2012; 64(3):177–86. https://doi.org/10. PMID 1007/s00251-011-0579-8: 22009319

58. GOWER JC. כמה מאפייני מרחק של שיטות שורש וקטור סמויות משמשות בניתוח רב משתנים. ביומטריקה. 1966; 53(3–4):325–38. https://doi.org/10.1093/biomet/53.3–4.325

59. Sanchez J. MARDIA KV, JT KENT JM BIBBY: ניתוח רב משתנים. Academic Press, LondonNew York-Toronto-Sydney-San Francisco 1979. xv, 518 pp., $61.00. יומן ביומטרי. 1982;24 (5):502-. https://doi.org/10.1002/bimj.4710240520.

60. Charrad M, Ghazzali N, Boiteau V, Niknafs A. NbClust: חבילת R לקביעת המספר הרלוונטי של אשכולות במערך נתונים. כתב עת לתוכנה סטטיסטית. 2014; 61(6):1–36. https://doi.org/10. 18637/jss.v061.i06

61. de Leeuw J, Mair P. Multidimensional Scaling באמצעות Majorization: SMACOF ב-R. Journal of Statistical Software. 2009; 31(3):1–30. https://doi.org/10.18637/jss.v031.i03