מחקר מקרה בקרה של זיהום Clostridium Innocuum, טייוואן

Clostridium innocuum עמיד בפני ונקומיציןזוהה לאחרונה כגורם אטיולוגי עבורשלשול הקשור לאנטיביוטיקהבבני אדם. ערכנו מחקר מקרה-ביקורת שכלל 152 חולים נגועים ב-C. inoculum מ-2014-2019 בטייוואן, תוך שימוש ב-304 מקרים של זיהום Clostridioides diffi - cile (CDI) בהתאמה לפי שנת אבחנה, גיל ({{7 }} שנים), ומין כפקדים. מאפייני הבסיס היו דומים בין 2 הקבוצות. חולים הנגועים ב-C. inoculum חוו יותר זיהום קלוסטרידאלי מחוץ למעיים וסיבוכים הקשורים למערכת העיכול מאשר חולים עם CDI. שיעור התמותה של 30-ימים בקרב חולים הנגועים ב-C. innocuum היה 14.5%, והשיעור הכולל היה 23.0%.מחלת כליות כרונית, גידול מוצק, אשפוז ביחידה לטיפול נמרץ ומצב הלם היו 4 גורמי סיכון בלתי תלויים למוות. חיסון C. שזוהה מדגימות קליניות צריך להיות מוכר כפתוגן הדורש טיפול, ובגלל העמידות הפנימית שלו ואן-וונקומיצין, יש צורך בזיהוי מדויק כדי להנחות טיפול אנטי-מיקרוביאלי מתאים ובזמן.

עשב שתכירולמחלת כליות

מינים של קלוסטרידיום are obligate anaerobic, endo-spore-forming bacilli that usually colonize the gastrointestinal tracts of humans. Of the >200 species of Clostridium, >30 הם פתוגנים פוטנציאליים בבני אדם, כגון C. perfringens ו- Clostridioides diffi - cile. עם זאת, לעתים רחוקות תואר C. innocuum כקשור למחלות אנושיות. C. inoculum זוהה לראשונה בשנות ה-60 בקרב 8 חולים בארצות הברית; השם, invacuum, תיאר את חוסר הארסיות שלו (1,2). זה היה מאתגר להבחין ב- C. inoculum מאחרים

מיני קלוסטרידיום (במיוחד C. ramosum ו-C. clostridia forme, שנקראים ביחד קבוצת RIC) בגלל הפנוטיפים הדומים שלהם של מורפולוגיה קולוניאלית קרובה טריוויאלית לא טיפוסית, מאפיינים נדירים של יצירת נבגים ודפוס חומצות שומן (3-5). זיהוי C. inoculum הפך למהיר ומדויק יותר לאחר כניסת טכניקות מולקולריות כגון רצף RNA 16S וספקטרומטריית מסה מסה (MALDI-TOF) הקשורה למטריקס (Desorption/ionization time-of-flight) (6).

בשנת 1995, Cutrona et al. דיווח על המקרה הראשון של אנדוקרדיטיס שנגרם על ידי C. innocuum (7). למרות שהחיידק נחשב פחות פתוגני ולעיתים רחוקות גרם לזיהומים בעבר, הופיעו יותר ויותר עדויות קליניות מאז שנות ה-2000, המצביעות על כך ש-C. inoculum עשוי להיות גורם פוטנציאלי לשלשולים הקשורים לאנטיביוטיקה וזיהום clostridial חוץ-מעיים (EICI), כגון בקטרימיה. , זיהום תוך בטני ואנדוקרדיטיס (8-10). עם זאת, איננו מודעים למחקר של זיהום ב-C. innocuum עם קבוצה גדולה מספיק של חולים כדי לתאר את המאפיינים הקליניים שלו.

אבחון מדויק של C. inoculum הכרחי בגלל העמידות הפנימית הייחודית שלו ל-vancomycin, ככל הנראה הנגרמת על ידי נוכחות של 2 גנים כרומוזומליים המאפשרים סינתזה של מבשר פפטיד-גליקן המסתיים בסרין עם זיקה נמוכה של ונקומיצין (9,11). למרות ש-vancomycin היא אחת התרופות האנטי-מיקרוביאליות המומלצות לטיפול בזיהומים הנגרמים על ידי מינים של Clostridium, במיוחד C. diffi cile, עמידות פנימית ל-vancomycin ב-C. inoculum מהווה סיכון לטיפול לא הולם עבור חולים הרוכשים זיהום C. inoculum (12). C. diffi cile הוא אחד המינים הטרידיאליים המייצגים ביותר שגורמים למחלות אנושיות ונחקר היטב. בארצות הברית, ≈500,000 זיהומים זוהו מדי שנה, ו-15,000-30,000 מקרי מוות היו קשורים לזיהום C. difficile (CDI) (12-14)

במחקרים קודמים, הדגמנו את C. innocum כפתוגן פולשני פוטנציאלי הגורם לקוליטיס חמור ו-EICI בסדרת מקרים קטנה והוכחנו את הרעילות התאית שלו במבחנה (8,9). בזאת, ערכנו מחקר רטרוספקטיבי של מקרה-ביקורת כדי לתאר ולהעריך את המאפיינים הקליניים והתוצאות של זיהומים שנגרמו על ידי חיסון C. לשם כך בחרנו חולי מקרה עם CDI כקבוצת הביקורת. מועצות הביקורת של המכון בבית החולים צ'אנג גונג ממו ריאל (CGMH; Taoyuan, טייוואן) אישרו את המחקר, מה שמאפשר סקירה של הנתונים הרפואיים של החולים (IRB#201900906B0). ניתן ויתור על הסכמה לאור האופי הרטרוספקטיבי של הפרויקט וניתוח אנונימי של המידע הקליני של החולים.

שיטות

עיצוב מחקר, מסגרת קלינית ורישום מקרים

We conducted a retrospective case-control study at CGMH during 2014–2019. CGMH is a tertiary medical center accommodating 3,700 patient beds. We selected C. difficile as the control to better illustrate the clinical features of C. innocuum infection. The case and control groups were assigned in a 1:2 ratio and matched in the diagnosed year, age +2 years, and sex. We identified cases with C. innocuum and C. difficile infections using the rapid ID 32A system (bioMérieux, https://www.biomerieux.com) and MALDI-TOF mass spectrometry Biotyper (Bruker Daltonik GmbH, https://www.bruker.com) (15– 17). MALDI-TOF mass spectrometry was introduced in 2009 in the clinical microbiology laboratory of CGMH, but C. innocuum was not reported routinely because it was considered a clinically insignificant microorganism. To trace the cases infected with C. inoculum, we reviewed the original reporting database from the MALDI-TOF mass spectrometry system directly and identified the samples reporting C. inoculum. Our definition of a microbiologically confirmed C. inoculum infection was that the original report from the MALDI-TOF mass spectrometry database revealed C. inoculum in the strongest 2 signals and had signal scores >2.00. הגדרנו זיהומים של C. difficile לפי אותו רציונל. סקרנו את המידע הבסיסי של כל חולה וגייסנו את כל החולים עם זיהום C. inoculum למחקר. הגדרנו זיהום C. difficile כמבחן רעלן חיובי מבוסס PCR עם נוכחות של תסמינים קליניים התואמים לזיהום, או תרבית חיובית של C. difficile עם תסמינים קליניים תואמים (למשל, שלשול מתועד או מאפיינים רדיולוגים של מגה-קולון רעיל). לא נכללו מקרים עם C. inoculum ו- C. difficile במקביל שבודדו מאותה מדגם קליני מהמחקר. עבור התאמת מקרה-ביקורת, 3 מחברים (Y.-C. Chen, Y.-C. Kuo, ו-M.-C. Chen) סקרו את המידע הבסיסי של כל המקרים עם C. innocuum ו- C. difficile. בחרנו באקראי 2 בקרות לכל מקרה, תואמות לפי שנת אבחון, גיל (+2 שנים) ומין מקרה המדד. אם אף ביקורת לא הייתה כשירה משלושת המשתנים התואמים הללו, הורדנו את קריטריון המין, ואחריו קריטריון הגיל במידת הצורך. לאחר תהליך ההתאמה, סקרנו עוד את המידע הקליני של חולים אלה.

משאבי נתונים קליניים, משתנים והגדרה

We collected demographic data, clinical manifestations, laboratory testing results, images, and mimicrobiology reports through an electronic medical record system (EMR). Demographic data were age, sex, race, underlying systemic diseases, and acquisition modality (community vs. hospital). We defined hospital-acquired infection as the symptoms that occurred>48 שעות לאחר הקבלה, או<4 weeks after discharge from a healthcare facility; otherwise, it was classified as a community-acquired infection (18). We calculated the Charlson Comorbidity Index score for each patient to represent the baseline physiologic condition affected by an underlying disease. The index is composed of 19 underlying conditions in 4 categories. Each category had a weighted score based on the risk for 1- and 10-year mortality rate (19). We recorded clinical symptoms such as diarrhea, fever, bloody stool, abdominal pain, vomiting, and abdominal distension. We also reviewed disease-related complications, including toxic megacolon, ileus, bowel perforation, and shock. Recurrent infection was defined if the patient had a repeated microbiological culture from the same specimen source within 8 weeks of initial documented symptoms resolution (20,21). Outcome assessment includeed 30-day, 90-day, and overall deaths after the infection. We reviewed previous antibiotic exposures according to each class: penicillins, cephalosporins, carbapenems, fluoroquinolones, aminoglycosides, macrolides, tetracyclines, glycopeptides, oxazolines, polymyxins, lincosamides, and metronidazole. We defined antibiotic exposure rates as the percentage of patients who received any drugs <30 days before C. inoculum or C. difficile infection and duration of antibiotic exposure as the total days of any antimicrobial drug use in a patient <30 days before the event of C. inoculum or C. difficile infection.

בידוד וזיהוי חיידקים

ביצענו תרביות חיידקים אנאירוביים במעבדה למיקרוביולוגיה קלינית, כפי שתואר קודם לכן (9). הפצנו את כל הדגימות האנאירוביות על צלחת האגר הסלקטיבית, כולל CDC-ANA BAP (צלחת אגר בדם אנאירובי), CDC-ANA-PEA (צלחת אגר דם אנאירובי פניאתיל אלכוהול) ו-BBE/KVLB (Bacteroides bile esculin ו-laked kanamycin) דו צלחת. הדגמנו צלחות אגר בתנאים אירוביים (90% N2 /10% CO2) ב-37 מעלות למשך 5 ימים. סקרנו באופן גס את המושבות הגדלות על צלחת וניתחנו מושבה מייצגת אחת עבור כל צלחת אגר על ידי מערכת ה-ID 32A המהירה (bioMérieux) לזיהוי המיקרואורגניזמים.

טבלה 1. מאפייני בסיס ואבחונים קליניים ב-2 קבוצות של חולים על ידי מיני Clostridium המדבקים במחקר מקרה-ביקורת של זיהום C. inoculum, טייוואן*

בדיקת רגישות לאנטי מיקרוביאלית

בדקנו רגישויות לאנטי-מיקרוביאליות לקלינדמיצין, מטרונידזול, פניצילין, פיפרצילין ואמפיצילין/סולבקטם בשיטת דילול אגר בנקודת שבירה לפי קריטריונים של מכון התקנים קליניים ומעבדתיים (מסמך M11-A8) עבור חיידק אירובי (22) . השתמשנו בקריטריונים פרשניים במסמך M100S כדי לקבוע רגישות (22).

ניתוח סטטיסטי

ביצענו ניתוח סטטיסטי על ידי SPSS Statistics 24.0 (SPSS Inc., https://www.ibm.com/products/ spss-statistics). עבור משתנים רציפים, קבענו מובהקות על ידי שימוש במבחן t הבלתי תלוי או מבחן Mann-Whitney U לפי המתאים. אם למשתנה הרציף היו חריגים ולא התאים להתפלגות הנורמלית, משתנים הוצגו כחציון (טווח בין-רבעוני, טווח). ניתחנו את המשתנים הקטגוריים באמצעות מבחן χ2 ושקלנו את p<0.05 statistically significant. We obtained odds ratios (ORs) from cross-tabulation and analyzed the p-value of ORs by univariate logistic regression. We estimated the mortality rate at 30 days and 90 days after the positive culture and analyzed it by Kaplan-Meier survival analysis using methods described previously (23). In addition, we examined risk factors associated with 30- and 90-day mortality in both groups by logistic regression.