ניתוח של נתוני רצף מהדור הבא עם הערות טובות חושף מקרים הולכים וגדלים של הדבקה חוזרת של SARS-CoV-2 עם Omicron

SARS-CoV-2 עבר מוטציה נרחבת ויצרה גרסאות של דאגה (VOC) שהובילה לעליות זיהום גלובליות. ה-Omicron VOC מדביק מחדש אנשים שנחשפו לגרסאות קודמות של SARS CoV-2 בתדירות גבוהה יותר ממה שנראה בעבר עבור VOC שאינם Omicron. ניתוח של תת-השושלות הקשורות לזיהום ראשוני של Omicron ולזיהום חוזר של Omicron מגלה כי השכיחות של זיהומים חוזרים של Omicron-Omicron מתרחשת על פני מרווח זמן קצר יותר ממה שנראה לאחר זיהום ראשוני עם VOC שאינו Omicron. הניתוח שלנו מצביע על כך שזיהום בודד מ-SARS-CoV-2 עשוי שלא ליצור את חסינות ההגנה הנדרשת כדי להתגונן מפני זיהומים חוזרים משושלות Omicron המתעוררות. ניתוח זה התאפשר על ידי רצף הדור הבא (NGS) של קבוצה דנית עם מטא נתונים קליניים על שני הזיהומים המתרחשים באותו אדם. אנו מציעים שהמשך הנגיף{10}} של COVID{10}} והכללת מטא נתונים קליניים נחוצים כדי להבטיח מעקב יעיל אחר הגנומיקה של SARS CoV-2, לסייע בטיפול ובפיתוח חיסונים ולהנחות המלצות לבריאות הציבור.

cistanche tubulosa- לשפר את המערכת החיסונית

ארגון הבריאות העולמי ייעד חמש גרסאות של דאגה (VOC) עבור SARS-CoV-2, הנגיף שגורם ל-COVID-19: אלפא, בטא, גמא, דלתא ואומיקרון1. ה-VOC והגרסאות המתפתחות הללו נותרו מכשול משמעותי בחיסול מגיפת ה-SARS-CoV-2. השימוש ברצף דורות (NGS) ומטא נתונים נלווים אפשרו הבנה טובה יותר של אופן התפשטות ה-VOC בין המארחים3-5. היוזמה העולמית לשיתוף נתוני שפעת העופות (GISAID) קיטלגה עד היום למעלה מ-12 מיליון רצפי SARS-CoV-23. ניתוח נתונים מצביע על כך שכל VOC קשור לרמה שונה של זיהומים ואריסיות4,5 וכי לווריאציות חדשות, כולל וריאנטים הנמצאים כעת במחזור, יש פוטנציאל להדביק מחדש מארחים למרות מאמצי החיסון העולמיים6,7. הגרסה העדכנית ביותר, Omicron, או B.1.1.529, סומנה בנובמבר 2021 כ-VOC זמן קצר לאחר זיהויו הראשוני בדרום אפריקה ובבוטסואנה1. תת-שושלות האומיקרון של BA.1, BA.2 ו-BA.3 התפשטו מאז ברחבי העולם, והפכו לגרסאות הדומיננטיות הראשוניות של Omicron, ואחריהן BA.4 ו-BA.5 בשבועות שלאחר מכן1,8. למעט חיסון ספציפי לאומיקרון שאושר לאחרונה לשימוש ב-UK9 ו-US10, נעשה שימוש בחיסוני DNA, RNA וחלבונים מלאים שתוכננו תוך שימוש ברצפי זנים מקוריים כחלק מהמאמץ לשלוט במגיפה. מחקרים אחרונים בחנו מקרים חדשים של זיהומי אומיקרון שהפגינו בריחה מנוגדנים מנטרלים שנגרמו על ידי חיסון, מה שהוביל למקרים מוגברים של זיהומים פורצי דרך11,12. הנגיף עבר מוטציה משמעותית ל-VOC מאז ההתפרצות הראשונית בדצמבר 2019. נוגדנים המושרים על ידי חיסון המסוגלים להיקשר לחלבון הספייק שניטרל גרסאות קודמות נראה פחות יעיל, וטיטרי הנוגדנים הולכים ופוחתים עם הזמן13,14. חסינות מתווכת נוגדנים שנרכשה כתוצאה מחשיפה קודמת ל-VOC נחשבה בעבר כמספיקה כדי למנוע זיהום של Omicron, עם זאת, בשל השילוב של נוגדנים דועכים ומוטציות שונות, החסינות שלאחר ה-COVID-19 אינה מספקת הגנה מלאה מפני זיהום חוזר על ידי Omicron15.

תוסף תוסף cistanche-הגברת חסינות

המחקר שלנו על הגנומיקה של זיהום ויראלי והדבקה מחדש מאומיקרון ותתי השושלות שלה משתמש במערך נתונים מבוסס דנמרק המורכב מגנומים של SARS-CoV-2 שנותחו באמצעות NGS. לכל ערך הוערה מטא נתונים להתרחשות של זיהום חוזר. הניתוח מוכיח שההדבקות החוזרות דרך ה-Omicron VOC מתרחשות בתדירות גבוהה יותר בהשוואה להדבקות חוזרות קודמות באמצעות VOC שאינן Omicron. ניתוח נוסף של תת-שושלות מגלה כי הדבקה חוזרת של Omicron-Omicron מתרחשת על פני מרווח זמן קצר יותר בהשוואה להדבקות חוזרות של VOC שאינן Omicron. זה מצביע על כך שגרסה של Omicron מסוגלת ומהירה יותר להדביק מחדש מארחים ממה שראינו עד כה במגיפה. פוטנציאל המוטציה המניע היווצרות VOC חדשים ובכך הדבקה חוזרת יהיה צורך במעקב לתמיד כדי להודיע ​​על מדיניות בריאות הציבור המתמשכת ולפתח שיטות פרמצבטיות. הניתוח המוצג כאן הוא דוגמה למחקר שלא היה אפשרי ללא מערך הנתונים החזק הזה והניטור הגנומי המתמשך. NGS של גנומים ויראליים מתעוררים יצטרכו להמשיך ברחבי העולם עם מטא נתונים מפורטים יותר כדי לאפשר תובנה טובה יותר לגבי התקדמות SARS-CoV-2. האיחוד של מערכי נתונים נפרדים המעבירים את רצף הגנום הנגיפי של כל אדם נגוע או נגוע מחדש, מטא נתונים ורשומות בריאות רפואיות יהיה חיוני להשגת מטרה זו.

תוצאות

SARS-CoV-2 נתוני רצף הדור הבא

יתרונות תוסף cistanche-איך לחזק את המערכת החיסונית

לחץ כאן לצפייה במוצרי Cistanche Enhance Immunity

【בקש עוד】 דוא"ל:cindy.xue@wecistanche.com / Whats App: 0086 18599088692 / Wechat: 18599088692

אנו מדווחים על הניתוח שלנו של קונסורציום הגנום הדני של COVID-19 הנגיש באמצעות GISAID שבדק מקרים בודדים של הדבקה חוזרת של מארח ב-VOC, כולל תת-שושלות3. יש כיום 21,708 ערכים של הדבקה חוזרת זמינים החל מה-1 במרץ 2020 עד ה-28 באוגוסט 2022. כל ערך דיווח על תאריך האיסוף המדויק של הזיהום הראשוני וההדבקה מחדש עבור אותו אדם, יחד עם רצפי NGS עבור הגנום הנגיפי של הזיהום השני. נקודות הזמן העיקריות של ההדבקה וההדבקה מחדש נרשמו כמטא נתונים של המארח, מה שמאפשר למדוד את התקופה שבין ההדבקות. חלק קטן יותר של ערכי מערך הנתונים (7595) דיווחו על שושלת הפנגו הנגיפית של שני הזיהומים, בנוסף לתאריך האיסוף, ונתוני NGS עבור דגימות ההדבקה הראשונית וההדבקה מחדש מאותו אדם. המינוח של שושלת פנגו משתמש ב-NGS כדי לסווג נגיף פילוגנטי על סמך ההרכב הגנומי שלו המוביל לזיהוי זנים ויראליים16,17. לרוב מערך הנתונים לא היו נתוני NGS עבור ההדבקה הראשונית, ובמקום זאת הסתמכו על בדיקת תגובת שרשרת פולימרית הפוכה (rtPCR) כדי לקבוע אם הנבדק היה חיובי ל-SARS-CoV-2 בתאריך המדווח. בדיקת rtPCR אינה מציינת את השושלת הנגיפית של פנגו, ולכן דגימות אלו לא נכללו בניתוח המוצג באיור 1. מכיוון שהדגימות עדיין הכילו זיהום ראשוני מאושר, הן נכללו רק באיור 2a, כ-NGS של הדבקה מחדש סיפקה אישור לשושלת פנגו משתנה הנדרשת לניתוח. תת-קבוצה קטנה של מקרים, 70, (<1% of total cases) had identical Pango lineages for the initial infection and reinfection. These cases were removed from the dataset because they did not satisfy the strict Pango lineage filtering methodology. This threshold was chosen because even with small nucleotide or amino acid differences within the same Pango lineage, those entries could be consistent with persistent and unresolved infection rather than reinfection18.

אחוזי מקרה הדבקה מחדש ומרווחים לפי וריאנט

עבור כל VOC המאופיין ב-NGS שהתגלה ודווח עם נתוני שושלת פנגו משויכים, מצאנו תדירות הדבקה חוזרת גוברת המעדיפה הדבקה חוזרת עם Omicron VOC (p < 0.0001, מבחן צ'י בריבוע) (איור 1a). 26% מהאנשים שנדבקו בזן הנגיף המקורי הראו יותר ויותר תדירות הדבקה חוזרת עם גרסאות עוקבות. לאלו שנדבקו בתחילה בווריאציה של אלפא לא היו מקרים של הדבקה חוזרת עקב אלפא; עם זאת, נצפו תדירות הולכת וגוברת של הדבקה חוזרת מדלתא (2.3%, 169 מקרים) ומאומיקרון (25.1%, 1875 מקרים) (איור 1א). עבור אלה שנדבקו בתחילה בדלתא, הדבקה חוזרת עקב וריאנט הדלתא הייתה מוגבלת (<1%, 18 cases), but 41% (3060 cases) were reported for Omicron variant reinfections. Thus far in the pandemic, reinfection within the same variant but different sub-lineages, other than for Omicron, was found to be small (0.3%, 24 cases), yet a higher number of individuals initially infected with Omicron report reinfection due to Omicron sublineages (4.6%, 340 cases). There is a high frequency of reinfection with Omicron among all those reinfected since March 2020, during which time a total of 93.2% reinfections were due to Omicron. These results suggest that primary infection with either the Original, Alpha, or Delta variant does not provide sufficient protection against reinfection, in particular for an Omicron reinfection.

יתרונות תוסף cistanche-איך לחזק את המערכת החיסונית

על מנת לחקור זאת עוד יותר, ריבדנו מקרי הדבקה חוזרת של Omicron-to Omicron לפי ייעודם העיקרי של תת-השושלת (איור 1b). שושלות BA.2, BA.4 ו-BA.5 חולקות באופן הדוק רצפי חומצות אמינו ספייק בהשוואה לשושלות Omicron אחרות. ישנם רק שלושה הבדלים מוטציות בחלבון הספייק בין BA.2 וגם BA.4 ו-BA.5: del69-70, L452R ו-F486V8. למרות דמיון זה, דווח על שכיחות גבוהה של זיהומים חוזרים של Omicron-to-Omicron עם הבדל משמעותי בין התפלגות הספירה הנצפית לבין התפלגות הספירה הצפויה, מה שמראה כי קיים קשר בין תת-שושלות ה-Omicron להדבקה מחדש ואינו נובע מכך סיכוי (p < 0.0001, מבחן צ'י בריבוע) (איור 1ב). אנשים שנדבקו תחילה בתת-שושלת BA.1 היוו תדירות גבוהה של סך כל זיהומים חוזרים של Omicron-to-Omicron (62%, 211 מקרים) כאשר הזיהומים השניים נגרמו בעיקר על ידי BA.2 (20%, 68 מקרים) או BA. .5 (30%, 102 מקרים) (איור 1ב). באופן דומה, אנשים שנדבקו בתחילה ב-BA.2 הראו תדירות גבוהה יחסית של זיהום חוזר (38%, 129 מקרים) עם BA.5 (26.2%, 89 מקרים) (איור 1b). לזיהומים המוגדרים כ"אחר" באיור 1b לא היה מינוח משותף המגדיר את השושלת. התדרים הגבוהים של הדבקה חוזרת מצביעים על כך שההבדל המאופיין בחלבון הספייק BA.1 או BA.2 ו-BA.5 גבוה מספיק כדי לעכב את היכולת של נוגדנים מנטרלים לאחר זיהום מ-BA.1 או BA.2 להיקשר ל-BA. .5 ספייק חלבון12,16. השושלות של BA.1, BA.4 וגרסאות Omicron עם הערות פחותות היו רמות נמוכות יותר של הדבקה מחדש בהשוואה ל-BA.2 ו-BA.5.

איור 1 אחוז מקרי הדבקה מחדש ומרווחים לפי וריאנט. מפת חום המציגה את תדירות ההדבקות החוזרות הכוללות בין שתי גרסאות הן לזיהום ראשוני והן להדבקה מחדש בדנמרק. ספירות גולמיות מוצגות מתחת לערך התדירות בסוגריים. לא היו נתונים זמינים עבור ריבועים לבנים ריקים. n=7467 מקרי זיהום חוזר. ב מפת חום המציגה את תדירות ההדבקה מחדש בין זיהום Omicron ראשוני לזיהום Omicron שני על ידי תת שושלת בדנמרק. ספירות גולמיות מוצגות מתחת לערך התדירות בסוגריים. לא היו נתונים זמינים עבור ריבועים לבנים ריקים. n=340 מקרי הדבקה חוזרת של Omicron-to-Omicron. ג פיזור המציג את הזמן בין מקרים (שבועות) עבור הזיהום הראשון והשני של גרסאות שונות בדנמרק. אמצעי הקבוצות מוצגים עם פסים שחורים. הריבוע האדום מדגיש מספר מקרים מוקדמים של Omicron-to-Omicron המוזכרים בטקסט שהתרחשו לפני תקופה של 10-שבוע. n=7467 מקרי זיהום חוזר. ד פיזור עבור הזמן בין מקרים (שבועות) עבור זיהומים של Omicron-to-Omicron לפי שושלת בדנמרק. אמצעי הקבוצות מוצגים עם פסים שחורים. הריבוע האדום מדגיש מקרים מוקדמים של Omicron-to-Omicron המוזכרים בטקסט המתרחשים לפני תקופת 10-שבוע עבור תת-שושלת ספציפית. n=340 מקרי הדבקה חוזרת של Omicron-to-Omicron.

איור 2 אחוזי הדבקה מחדש וספירת רצף. אחוזי רצף דנמרק לאורך זמן מרובדים לפי וריאנט המיוצגים כחלקת קו עם שכבת-על של סרגל המייצגת אחוזי זיהום שניים מרובדים לפי וריאנט הכוללים נתוני NGS ו-rtPCR. ב ספירות רצף ברחבי העולם מרובדות לפי יבשות על פני תקופה של מרווחים של חודש. הנתונים מוצגים גם כאחוז מהמקרים ברצף על פני תקופות של חודש בתרשים משלים 2.

הירידה של נוגדנים מנטרלים בעקבות זיהום מעוררת נקודת דאגה לכמה זמן תימשך החסינות הטבעית אצל אדם נתון. מודלים פרה-אומיקרון העריכו יותר מ-90% יעילות של חסינות ראשונית לאחר זיהום, אך הערכות אלו ירדו לפחות מ-10% לאחר 108 שבועות19. איורים 1c ו-d מציגים את הזמן בין זיהומים על ידי ה-VOC הראשון והשני שנראה לאורך המגיפה. מגמה שלבית של הגדלת זמן ההדבקה מחדש מודגמת בין ה-VOC השונים בשל עיתוי הופעתם, התפשטותם והדומיננטיות שלהם במגיפה (איור 1c). במיוחד, אירועי הדבקה חוזרת של Omicron-to-Omicron מופיעים תוך 3 שבועות בלבד לאחר ההדבקה הראשונית, בממוצע של 22 שבועות (איור 1c). מתוך זיהומים חוזרים אלו מ-Omicron-to-Omicron, 50 מתוך סך 340 המקרים (14.7%) מתרחשים בתוך 10 שבועות מההדבקה הראשונית; מסומן בקופסה אדומה באיור 1c. בוצעה בדיקת t למשמעות הזמן בין זיהומים חוזרים של Omicron-to-Omicron המתרחשים לפני ואחרי 10 שבועות. שתי תת-קבוצות אלו מדגימות את המשמעות של זמני ההדבקה מחדש הממוצעים (p < 0.0001, 95% CI: 17.17-20.19). זה הוביל לניתוח נוסף כדי לקבוע מה יכול לגרום להתפלגות בי-מודאלית משמעותית זו בתוך קבוצת ההדבקה מחדש של Omicron-Omicron. זיהומים חוזרים אלה מאיור 1c מרובדים לפי תת-שושלת באיור 1d. התרחשות ההדבקה מחדש לפני 10 שבועות, מסומנת על ידי תיבה אדומה באיור 1d, קשורה בעיקר ל-BA.1 תחילה ולאחר מכן ל-BA.2. ניתוח השונות (ANOVA) נערך (נתונים משלימים 1) בין הקבוצות הללו באיור 1d מראה מובהקות בין ההבדל בממוצע עבור הרוב בשל הזמינות של נתוני NGS מעובדים באמצעות ביואינפורמטיקה כדי לחשוף את שושלת הדגימות של Pango במערך הנתונים .

אחוז מקרה הדבקה מחדש

באמצעות מערך נתונים משולב של דגימות NGS ו-rtPCR כמתואר קודם לכן, דווח על מספר גבוה יותר של זיהומים חוזרים בשמונה החודשים האחרונים (21 בדצמבר021 עד יולי 2022) בהשוואה ל-VOCs אחרים בשנה האחרונה (איור .2א). השיעור של תת-שושלות Omicron כנגד סך הזיהומים בדנמרק מפורט באיור משלים. 1. במהלך גל ההדבקות העולמי של Omicron, לדנמרק היה שיעור שיא של 19.5% של הדבקה חוזרת מכלל המקרים שנדגמו ביולי 2022. לשם השוואה, שיא של 1.4% מסך המקרים במהלך גל הדלתא דווח כזיהומים חוזרים. הבדל זה מדגיש את הרמה הגבוהה של זיהומים חוזרים שנצפתה במהלך התקדמות המגיפה ל- Omicron VOC. יתר על כן, הנתונים מראים שכאשר הווריאציה הדומיננטית של הזיהום התפזרה כמעט באופן שווה ב-50% בין דלתא לאומיקרון, לא הייתה חלוקה שווה של זיהומים חוזרים. הזיהומים מחדש באותה תקופה, דצמבר 2021, נגרמו על ידי דלתא ב-0.6% מהמקרים, ועל ידי Omicron ב-1.6% מהמקרים. זהו ממצא חשוב בין דלתא לאומיקרון שכן הסבירות לחשיפה הייתה בערך זהה, אך הסבירות להדבקה חוזרת לא הייתה.

דִיוּן

התוצאות שלנו בתמונת מצב זו של נתונים אזוריים זמינים ממחישות שני מושגים בסיסיים. ראשית, אנשים נדבקים מחדש ב-SARS-COV-2, ונראה כי זיהומים חוזרים של Omicron-to-Omicron מתרחשים קרובים יותר יחד עם תדירות גבוהה יותר מאשר זיהומים חוזרים הקשורים ל-VOC קודם. מספר מחקרים קודמים בוחנים תדירות הדבקה חוזרת ב-SARS-CoV-2, כולל Omicron, ולמרות שסוגי מחקרים אלה מספקים תובנות חשובות, לרוב הם מוגבלים לנתוני PCR בלבד6,7,20 ואינם מציינים את שושלת פנגו ובכך להגביל את היכולת לקבל תובנה לגבי המגיפה. שנית, קיים צורך מתמשך ב-NGS עם מטא-נתונים קליניים של מטופלים כדי לצפות באופן רציף בשינויים בשיעורי הזיהום הנגיפי וביעילות החיסון. מעקב גנומי יעיל מאפשר לנו להבין מגמות בזיהום ויראלי ולהעריך את רמת האיום הנוכחית של VOCs מתעוררים. ראינו רמה חסרת תקדים של שיתוף פעולה מדעי עולמי שמטרתו ללכוד רצפים ויראליים מאנשים נגועים כדי לבנות מסד נתונים הפונה לציבור. שיתוף הפעולה הזה הפך נתונים יקרי ערך לזמינים לציבור כדי שנוכל לעקוב אחר שינויים בגנומיקה ויראלית, לבצע מחקרים אפידמיולוגיים, להנחות את מדיניות בריאות הציבור ולהודיע ​​על עיצוב חיסונים3. למרות של-GISAID יש יותר מ-12 מיליון רצפים זמינים בזמן ניתוח זה, שיעורי הרצף הנוכחיים יורדים באופן משמעותי3. פירוט של ספירות NGS לפי יבשות מוצג עם ירידות אחרונות בצפון אמריקה ואירופה (איור 2b). הירידה הזו משפיעה לרעה על היכולת של הקהילה המדעית שלנו לנתח את SARS-CoV-2 ו-COVID-19 שכן ניתן להפיק נתוני שושלת פנגו רק מנתוני NGS. יתר על כן, ריצוף גנומי זמין כיום מדווח לעתים קרובות כזיהום ראשוני או זיהום מחדש, אך נתוני הזיהום הראשוני וההדבקה מחדש של NGS בדרך כלל אינם מדווחים יחד עבור אותו אדם. מערך הנתונים של דנמרק ממחיש את החשיבות של דיווח על נתוני NGS לאדם, כאמצעי לניתוח סיכון הדבקה חוזרת. זוהי קבוצה ייחודית במסד הנתונים של GISAID שכן היו 21,708 גנומים מוערים היטב מדנמרק ששימשו במחקר זה. פחות מ-2,000 גנומים נוספים של הדבקה חוזרת מוערים היו זמינים ברחבי העולם עם רמות מוגבלות של פירוט הדבקה מחדש ולעיתים נעדרים קישורים של חולים. גודלו של מחקר זה, כמו גם הגודל היחסי של דנמרק וצפיפות האוכלוסין, מתאימים את עצמם לסייע בהפחתת הטיות בניתוחים. ככל שהדבקה חוזרת הופכת שכיחה יותר לא רק לזיהום שני, אלא גם לזיהום שלישי ורביעי, הנתונים המדווחים ברחבי העולם יכולים לספק תובנות נוספות לגבי הדבקה חוזרת. בנוסף, ניתן לנתח זיהומים כרוניים מקרוב עם ניתוחי NGS מרובים על דגימות לאורך זמן כדי להבין כיצד הנגיף מתפתח במארח ספציפי.

הדבקה חוזרת יכולה להיות מושפעת מהטיות חיצוניות לא ביולוגיות כמו תקופות נעילה ואמצעי הגנה כמו מסכות, חיסונים והגבלות שונות. סגר לאומי הופעל בדנמרק ב-11 במרץ 2020, כאשר שני שלבי פתיחה מחדש התרחשו זמן קצר לאחר מכן ב-6 באפריל וב-27 במאי. סגר לאומי שני הופעל ב-16 בדצמבר 2020 עם פתיחה מחדש בשני שלבים ב-16 בפברואר וב-1 במרץ 2021. כל ההגבלות, כגון דרישות מסכות, מגבלות גודל על התכנסויות והגבלות על פעילות עסקית הוסרו בספטמבר 2021 למרות החזרת ההגבלות הללו כדי לסייע בהפחתת התפשטות ויראלית מדצמבר 2021 עד פברואר 2022, 7084 מקרי ההדבקה החוזרת של Omicron שנצפו במהלך תקופה זו ייצגו עלייה מ-1.5 ל-6%, רמת הדבקה חוזרת שלא נראתה בעבר (איור 2א). דנמרק הפכה למדינה הראשונה בעולם שהפסיקה את תוכנית החיסונים שלה, והפסיקה את החיסונים הראשוניים החל מה-15 במאי 2022. הנימוק שנאמר היה ש-81% מהמדינה חוסנו ו-62% קיבלו חיזוק שלישי החל מפברואר 2022. סיום תוכנית החיסונים עלול היה לגרום לעלייה בשיעורי ההדבקה הראשונית וההדבקות מחדש, שכן עדיין היה חלק ניכר של אנשים לא מחוסנים בדנמרק 21–24. דאגה במגיפת ה-COVID-19 היא שזיהומים פורצי דרך יתרחשו אצל אנשים מחוסנים מגוריאנטים ותתי-שושלת שלהם, עקב ירידת טייטרי נוגדנים מנטרלים13,14. לא יכולנו לנתח זאת במחקר שלנו שכן מטא נתונים נלווים המעבירים את סוג החיסון, מספר המנות שהתקבלו ותאריך המתן לא היו קיימים. מטא נתונים של חיסונים ועוד, כגון גיל או מצבים בריאותיים קיימים, יכולים לאפשר ניתוח הדבקה מחדש ברמת ההגנה או הסיכון עם פירוט רב יותר על בסיס כל מקרה לגופו. מחקרים השתמשו בסוג זה של מטא נתונים לניתוח הדבקה חוזרת של Omicron, אך נתוני ה-NGS המגדירים את שושלת פנגו נעדרים במקום rtPCR25,26. אנליזה בקטאר הוגבלה על ידי rtPCR אך הגיעה למסקנה כי כנגד BA.4 או BA.5 היה קיים ברמה צנועה מזיהום קודם שאינו Omicron אך חזק יותר לאחר זיהום Omicron. אנשים עדיין היו מסוגלים להידבק מחדש ללא קשר לוריאנט הזיהום הראשון, אך באופן מעניין זה לא שינה הרבה עבור אנשים מחוסנים. לאנשים מחוסנים הוצע הגנה מעט גבוהה יותר מפני זיהום חוזר. הממצאים מהמחקר בקטאר נגזרים על ידי בדיקת rtPCR חיובית המיועדת למחיקת חלבון Spike שכיחה בקורלציה לתאריך של הווריאציה הדומיננטית, BA.4 או BA.5. מכיוון שהמחיקה הזו קיימת במספר רב של תת-שושלות של Omicron, BA.4 ו-BA.5, לא ניתן להפריד ביניהם לניתוח ללא אישור שושלת Pango על ידי NGS20. אנו מאמינים מאוד שרצף הדור הבא של דגימות SARS CoV-2 חייב להמשיך עם הוספת מטא נתונים המתארים את המארח. אמנם הירידה ברצף מדאיגה, אבל השילוב של נתונים של אדם אחד על פני מספר מקורות הוא התפתחות חיונית לקראת גילוי תובנות חדשות לגבי נגיף הקורונה-19. לדוגמה, חשוב לקשר בין רצף הדור הבא לזיהוי גנום ויראלי, רשומות רפואיות לבחינת גיל ותנאים קיימים, ומטא נתונים למעקב אחר זמן ומצב הדבקה מחדש.

מערכת חיסון מגבירה צמח cistanche

במקרה של הדבקה מחדש, רצף מידע המאפיין הן את התזמון בין זיהומים והן את הרכב הגנום הנגיפי של כל זיהום הוא קריטי כדי לספק המלצות מדויקות לבריאות הציבור ולעצב תרופות יעילות ועמידות לאורך זמן. המחקר שלנו מצביע על כך שההדבקות החוזרות ב-Omicron VOC מתרחשות בתדירות גבוהה יותר ובמרווח זמן קצר יותר ממה שנצפה עבור VOC אחר מוקדם יותר במהלך המגיפה. יש לכך השלכות משמעותיות על קובעי מדיניות בריאות הציבור. הניתוח המוצג כאן הוא דוגמה למחקר שלא היה אפשרי ללא מערך הנתונים החזק הזה, אשר יצטרך להמשיך את NGS ברחבי העולם ולהשתפר עוד יותר על ידי איחוד מערכי הנתונים המעבירים את רצף הגנום הנגיפי של כל אדם נגוע או נגוע מחדש, מטא נתונים ובריאות רפואית. רשומות.

המחקר שלנו מצביע על כך שההדבקות החוזרות ב-Omicron VOC מתרחשות בתדירות גבוהה יותר ובמרווח זמן קצר יותר ממה שנצפה עבור VOC אחרים מוקדם יותר במהלך המגיפה; עם זאת, היכולת שלנו למדוד ולכמת את ההתפשטות הנגיפית פחתה באופן אקספוננציאלי עקב ירידה במימון / יכולת / לרצף ברציפות דגימות של חולים.

הפניות

1. Viana, R. et al. התפשטות מגיפה מהירה של וריאנט SARS-CoV-2 Omicron בדרום אפריקה. טבע 603, 679–686 (2022).

2. Oliu-Barton, M. et al. חיסול מול הפחתת SARS-CoV-2 בנוכחות חיסונים יעילים. לאנסט גלוב. בריאות 10, e142–e147 (2022).

3. Khare, S. et al. תפקידו של GISAID בתגובה למגפה. סין CDC Wkly. 3, 1049–1051 (2021).

4. Gómez, CE, Perdiguero, B. & Esteban, M. Emerging SARS-CoV-2 גרסאות והשפעה בתוכניות חיסון גלובליות נגד SARS-CoV-2/COVID-19. Vaccines 9, 243 (2021).

5. Wu, H. et al. מוטציות Nucleocapsid R203K/G204R מגבירות את הזיהומים, הכושר והארסיות של SARS-CoV-2. Cell Host Microbe 29, 1788–1801.e6 (2021).

6. Rahman, S. et al. הידבקויות חוזרות ב-COVID-19 בקרב אנשים נגועים ומחוסנים באופן טבעי. Sci. רפ' 12, 1438 (2022).

7. Pulliam, JRC et al. סיכון מוגבר להידבקות חוזרת ב-SARS-CoV-2 הקשורה להופעת Omicron בדרום אפריקה. Science 376, eabn4947 (2022).

8. Tegally, H. et al. הופעתן של SARS-CoV-2 שושלות Omicron BA.4 ו-BA.5 בדרום אפריקה. נאט. Med. 28, 1785–1790 (2022).

9. Mahase, E. Covid-19: בריטניה תשיק את חיסון האוmicron BA.1 של Moderna כחלק מתוכנית החיזוק הסתיו. BMJ 378, o2038 (2022).

10. CDC. CDC ממליץ על המאיץ הראשון המעודכן ל-COVID-19. https://www. cdc.gov/media/releases/2022/s0901-covid-19-booster.html (2022).

11. Yu, J. et al. נטרול של גרסאות SARS-CoV-2 Omicron BA.1 ו-BA.2. N. Engl. J. Med. 386, 1579–1580 (2022).

12. Tuekprakhon, A. et al. בריחת נוגדנים של SARS-CoV-2 Omicron BA.4 ו-BA.5 מחיסון וסרום BA.1. תא 185, 2422–2433.e13 (2022).

13. Kurhade, C. et al. נטרול של Omicron BA.1, BA.2 ו-BA.3 SARS CoV-2 על ידי 3 מנות של חיסון BNT162b2. נאט. Commun. 13, 3602 (2022).

14. Woodbridge, Y., Amit, S., Huppert, A. & Kopelman, NM דינמיקה של עומס נגיפי של SARS-CoV-2 וריאנטים של דלתא ושל Omicron בעקבות מנות חיסון מרובות וזיהום קודם. נאט. Commun. 13, 6706 (2022).

15. גולדברג, י' ואח'. הגנה ודעיכה של חסינות טבעית והיברידית ל-SARS-CoV-2. N. Engl. J. Med. 386, 2201–2212 (2022).

16. Rambaut, A. et al. הצעה למינוח דינמי עבור שושלות SARS-CoV-2 כדי לסייע באפידמיולוגיה גנומית. נאט. מיקרוביול. 5, 1403–1407 (2020).

17. O'Toole, Á., et al. הקצאת שושלות אפידמיולוגיות במגפה מתהווה באמצעות הכלי Pangolin. וירוס אבול. 7, veab064 (2021).

18. Weigang, S. et al. אבולוציה בתוך המארח של SARS-CoV-2 בחולה מדוכא ב-COVID-19 כמקור לגרסאות של בריחה חיסונית. נאט. Commun. 12, 6405 (2021).

19. Prillaman, M. זיהום אחד בנגיף הקורונה מרחיק אחר - אבל רק אם מדובר בגרסה דומה. טבע https://doi.org/10.1038/d41586-022-01914-6 (2022)

20. Altarawneh, HN et al. אפקט מגן של זיהום SARS-CoV-2 קודם כנגד תת-וריאנטים של Omicron BA.4 ו-BA.5. N. Engl. J. Med 387, 1620–1622 (2022).

21. Danielsen, S., Joensen, A., Andersen, PK, Madsen, T. & Strandberg-Larsen, K. תסמיני פציעה עצמית, התאבדות והפרעות אכילה במבוגרים צעירים בעקבות נעילות COVID-19 בדנמרק. נאט. זִמזוּם. התנהג. https://doi. org/10.1038/s41562-022-01511-7. (2023)

22. פלטייר א. דנמרק, שופע מקרי וירוסים, מאמצת גישה של 'תביא את זה'. הניו יורק טיימס https://www.nytimes.com/2022/02/08/world/ europe/denmark-covid-infections.html (2022).

23. אלליאט ה. דנמרק הופכת למדינה הראשונה שעוצרת את תוכנית החיסונים לקורונה-19 שלה. CNBC https://www.cnbc.com/2022/04/28/denmark-the-first country-to-halt-its-covid-vaccination-program.html (2022).

24. הגבלות קוביד בדנמרק הוסרו למרות הגידול במספר המקרים. BBC https://www. bbc.com/news/world-europe-60215200 (2022).

25. Eythorsson, E., Runolfsdottir, HL, Ingvarsson, RF, Sigurdsson, MI & Palsson, R. שיעור ההדבקה מחדש ב-SARS-CoV-2 במהלך גל Omicron באיסלנד. רשת JAMA פתוח 5, e2225320 (2022).

26. Carazo, S. et al. הגנה משוערת של זיהום קודם ב-SARS-CoV-2 מפני הדבקה חוזרת בגרסה של Omicron בקרב אנשים מחוסנים ובלתי מחוסנים ב-RNA שליח בקוויבק, קנדה. רשת JAMA פתוח 5, e2236670 (2022).

27. Falahi, S. & Kenarkoohi, A. COVID-19 הדבקה חוזרת: נשירה ממושכת או הדבקה מחדש אמיתית? N. חיידקים N. Infect. 38, 100812 (2020).

28. Burkholz, S. et al. קוד עבור: הגדלת המקרים של זיהום חוזר ב-SARS-CoV-2 Omicron חושף חסינות לא יעילה שלאחר ה-COVID-19 בדנמרק ומעביר את הצורך להמשיך ברצף הדור הבא. https://doi. org/10.5281/ZENODO.7659150. (2023).